读取 plink 的输出模型
Read output model of plink
任务
我需要使用 plink 软件进行关联研究。输入所有数据并进行所有计算后，我得到一个文件/table，如下所示：
CHR SNP A1 A2 TEST AFF UNAFF CHISQ DF P
1 rs10458597 T C TREND 4/230 13/973 0.1565 1 0.6924
1 rs2185539 T C TREND 7/231 0/1000 29.75 1 4.92e-08
1 rs11240767 T C TREND 10/228 15/985 6.206 1 0.01273
1 rs12564807 G A TREND 0/238 0/1000 NA NA NA
1 rs3131972 A G TREND 82/156 259/741 6.618 1 0.0101
1 rs3131969 A G TREND 86/150 253/733 9.629 1 0.001916
1 rs3131967 T C TREND 73/157 212/768 9.407 1 0.002162
1 rs1048488 C T TREND 60/178 203/791 2.435 1 0.1187
1 rs12562034 A G TREND 60/172 256/734 1.008e-06 1 0.9992
我只对 p-values（最后一列）感兴趣，需要生成一个 Q-Q-Plot。为此，我想用 pandas 读取文件，但找不到正确读取文件的方法。
之前的尝试
我尝试使用 Excel 来解释文件并生成正确的 .csv 但是由于文件太大，Excel 总是无法这样做并且崩溃/只生成一个table.
的第三个
我也尝试过使用下面的命令来读取带有pandas的文件，但是我得到了错误的输出：
命令
df = pd.read_csv(path, sep='\t', engine='python') # attempt 1
df = pd.read_csv(path, sep='\t', lineterminator='\r') # attempt 2
输出：
尝试 pd.read_fwf():
df = pd.read_fwf(r'c:\test\test_file.txt')
print(df)
输出：
CHR SNP A1 A2 TEST AFF UNAFF CHISQ DF P
0 1 rs10458597 T C TREND 4/230 13/973 0.156500 1.0 6.924000e-01
1 1 rs2185539 T C TREND 7/231 0/1000 29.750000 1.0 4.920000e-08
2 1 rs11240767 T C TREND 10/228 15/985 6.206000 1.0 1.273000e-02
3 1 rs12564807 G A TREND 0/238 0/1000 NaN NaN NaN
4 1 rs3131972 A G TREND 82/156 259/741 6.618000 1.0 1.010000e-02
5 1 rs3131969 A G TREND 86/150 253/733 9.629000 1.0 1.916000e-03
6 1 rs3131967 T C TREND 73/157 212/768 9.407000 1.0 2.162000e-03
7 1 rs1048488 C T TREND 60/178 203/791 2.435000 1.0 1.187000e-01
8 1 rs12562034 A G TREND 60/172 256/734 0.000001 1.0 9.992000e-01
任务
我需要使用 plink 软件进行关联研究。输入所有数据并进行所有计算后，我得到一个文件/table，如下所示：
CHR SNP A1 A2 TEST AFF UNAFF CHISQ DF P
1 rs10458597 T C TREND 4/230 13/973 0.1565 1 0.6924
1 rs2185539 T C TREND 7/231 0/1000 29.75 1 4.92e-08
1 rs11240767 T C TREND 10/228 15/985 6.206 1 0.01273
1 rs12564807 G A TREND 0/238 0/1000 NA NA NA
1 rs3131972 A G TREND 82/156 259/741 6.618 1 0.0101
1 rs3131969 A G TREND 86/150 253/733 9.629 1 0.001916
1 rs3131967 T C TREND 73/157 212/768 9.407 1 0.002162
1 rs1048488 C T TREND 60/178 203/791 2.435 1 0.1187
1 rs12562034 A G TREND 60/172 256/734 1.008e-06 1 0.9992
我只对 p-values（最后一列）感兴趣，需要生成一个 Q-Q-Plot。为此，我想用 pandas 读取文件，但找不到正确读取文件的方法。
之前的尝试
我尝试使用 Excel 来解释文件并生成正确的 .csv 但是由于文件太大，Excel 总是无法这样做并且崩溃/只生成一个table.
我也尝试过使用下面的命令来读取带有pandas的文件，但是我得到了错误的输出：
命令
df = pd.read_csv(path, sep='\t', engine='python') # attempt 1
df = pd.read_csv(path, sep='\t', lineterminator='\r') # attempt 2
输出：
尝试 pd.read_fwf():
df = pd.read_fwf(r'c:\test\test_file.txt')
print(df)
输出：
CHR SNP A1 A2 TEST AFF UNAFF CHISQ DF P
0 1 rs10458597 T C TREND 4/230 13/973 0.156500 1.0 6.924000e-01
1 1 rs2185539 T C TREND 7/231 0/1000 29.750000 1.0 4.920000e-08
2 1 rs11240767 T C TREND 10/228 15/985 6.206000 1.0 1.273000e-02
3 1 rs12564807 G A TREND 0/238 0/1000 NaN NaN NaN
4 1 rs3131972 A G TREND 82/156 259/741 6.618000 1.0 1.010000e-02
5 1 rs3131969 A G TREND 86/150 253/733 9.629000 1.0 1.916000e-03
6 1 rs3131967 T C TREND 73/157 212/768 9.407000 1.0 2.162000e-03
7 1 rs1048488 C T TREND 60/178 203/791 2.435000 1.0 1.187000e-01
8 1 rs12562034 A G TREND 60/172 256/734 0.000001 1.0 9.992000e-01