lapply 如何将寻址列作为未知变量？

Question

所以，我有一个名为 control_for 的字符串列表。我有一个数据框 sampleTable，其中一些列被命名为 control_for 列表中的字符串。我有第三个对象 dge_obj（DGElist 对象），我想在其中附加这些列。我想做的 - 使用 lapply 遍历 control_for 列表，对于每个字符串，在 sampleTable 中找到一个具有相同名称的列，然后添加该列（作为一个因素) 到 DGElist 对象。例如，如果只用一个字符串手动完成，它看起来像这样，并且有效：

group <- as.factor(sampleTable[,3])
dge_obj$samples$group <- group

我试过这样的事情：

lapply(control_for, function(x) {
  x <- as.factor(sampleTable[, x])
  dge_obj$samples$x <- x
}

这是行不通的。我想问题是 R 无法识别这样的寻址列。有人可以帮忙吗？

Answer 1

这里有两种基本的 R 方法。数据集是 help("DGEList") 的例子和一个模型 data.frame sampleTable.

定义 control_for 中 table 名称的矢量 common_vars。然后创建新列。

library(edgeR)

sampleTable <- data.frame(a = 1:4, b = 5:8, no = letters[21:24])
control_for <- c("a", "b")

common_vars <- intersect(control_for, names(sampleTable))

1。 `for`循环

for(x in common_vars){
  y <- sampleTable[[x]]
  dge_obj$samples[[x]] <- factor(y)  
}

2。 `*apply`循环。

tmp <- sapply(sampleTable[common_vars], factor)
dge_obj$samples <- cbind(dge_obj$samples, tmp)

这段代码可以改写为一行代码。

数据

set.seed(2021)
y <- matrix(rnbinom(10000,mu=5,size=2),ncol=4)
dge_obj <- DGEList(counts=y, group=rep(1:2,each=2))

lapply 如何将寻址列作为未知变量？

How can lapply work with addressing columns as unknown variables?

r

lapply

1。 for循环

2。 *apply循环。

数据

1。 `for`循环

2。 `*apply`循环。