GDCprepare() returns 函数错误（类、fdef、mtable）
GDCprepare() returns Error in function (classes, fdef, mtable)
我已经使用 Bioconductor 软件包 TCGAbiolinks 从 TCGA-LGG 项目下载了蛋白质组分析数据。
然后我在 运行 GDCprepare:
时出现以下错误
library("TCGAbiolinks")
query_lgg = GDCquery(
project = "TCGA-LGG",
data.category = "Proteome Profiling",
sample.type = "Primary Tumor",
legacy = FALSE)
#> --------------------------------------
#> o GDCquery: Searching in GDC database
#> --------------------------------------
#> Genome of reference: hg38
#> --------------------------------------------
#> oo Accessing GDC. This might take a while...
#> --------------------------------------------
#> ooo Project: TCGA-LGG
#> --------------------
#> oo Filtering results
#> --------------------
#> ooo By sample.type
#> ----------------
#> oo Checking data
#> ----------------
#> ooo Check if there are duplicated cases
#> ooo Check if there results for the query
#> -------------------
#> o Preparing output
#> -------------------
lgg_res <- getResults(query_lgg)
GDCdownload(query = query_lgg)
#> Downloading data for project TCGA-LGG
#> Of the 429 files for download 429 already exist.
#> All samples have been already downloaded
lgg_data <- GDCprepare(query_lgg)
#> Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function 'metadata<-' for signature '"function"'
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-11-10 创建
会话信息
sessioninfo::session_info()
#> ─ Session info ──────────────────────────────────────────────────────────────
#> setting value
#> version R version 4.1.0 (2021-05-18)
#> os Ubuntu 20.04.2 LTS
#> system x86_64, linux-gnu
#> ui X11
#> language (EN)
#> collate it_IT.UTF-8
#> ctype it_IT.UTF-8
#> tz Europe/Rome
#> date 2021-11-10
#> pandoc 2.11.4 @ /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/ (via rmarkdown)
#>
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#> package * version date (UTC) lib source
#> AnnotationDbi 1.54.1 2021-06-08 [1] Bioconductor
#> assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> backports 1.3.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> Biobase 2.52.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> BiocFileCache 2.0.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
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#> Biostrings 2.60.2 2021-08-05 [1] Bioconductor
#> bit 4.0.4 2020-08-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> colorspace 2.0-2 2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> crayon 1.4.2 2021-10-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> curl 4.3.2 2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> data.table 1.14.2 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> DBI 1.1.1 2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> dbplyr 2.1.1 2021-04-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> DelayedArray 0.18.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> digest 0.6.28 2021-09-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> downloader 0.4 2015-07-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> dplyr 1.0.7 2021-06-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> GenomeInfoDbData 1.2.6 2021-11-10 [1] Bioconductor
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#> knitr 1.36 2021-09-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> lattice 0.20-44 2021-05-02 [4] CRAN (R 4.1.0)
#> lifecycle 1.0.1 2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> magrittr 2.0.1 2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> Matrix 1.3-4 2021-06-01 [4] CRAN (R 4.1.0)
#> MatrixGenerics 1.4.3 2021-08-26 [1] Bioconductor
#> matrixStats 0.61.0 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> memoise 2.0.0 2021-01-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> pillar 1.6.4 2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> plyr 1.8.6 2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> progress 1.2.2 2019-05-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.cache 0.15.0 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.methodsS3 1.8.1 2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.oo 1.24.0 2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.utils 2.11.0 2021-09-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R6 2.5.1 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> readr 2.0.2 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> reprex 2.0.1 2021-08-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rlang 0.4.12 2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> scales 1.1.1 2020-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> stringi 1.7.5 2021-10-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> styler 1.6.2 2021-09-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> SummarizedExperiment 1.22.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> TCGAbiolinks * 2.20.1 2021-10-07 [1] Bioconductor
#> TCGAbiolinksGUI.data 1.12.0 2021-05-20 [1] Bioconductor
#> tibble 3.1.6 2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
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#> tzdb 0.2.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> utf8 1.2.2 2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> vctrs 0.3.8 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> withr 2.4.2 2021-04-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> xfun 0.28 2021-11-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> XML 3.99-0.8 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> xml2 1.3.2 2020-04-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> XVector 0.32.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> zlibbioc 1.38.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#>
#> [1] /home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
#> [2] /usr/local/lib/R/site-library
#> [3] /usr/lib/R/site-library
#> [4] /usr/lib/R/library
#>
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
我试图调查错误，它导致我遇到问题 #198，但没有成功。
此外，据我了解，此错误与应用于未定义 S4 方法的对象的 S4 泛型函数有关，如所讨论的 。
我错过了什么吗？有人可以帮我吗？
提前致谢！
软件包中提供了对蛋白质组分析的支持。要获得最新版本，应使用以下命令从 Github 安装软件包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") (see here).
我已经使用 Bioconductor 软件包 TCGAbiolinks 从 TCGA-LGG 项目下载了蛋白质组分析数据。
然后我在 运行 GDCprepare:
library("TCGAbiolinks")
query_lgg = GDCquery(
project = "TCGA-LGG",
data.category = "Proteome Profiling",
sample.type = "Primary Tumor",
legacy = FALSE)
#> --------------------------------------
#> o GDCquery: Searching in GDC database
#> --------------------------------------
#> Genome of reference: hg38
#> --------------------------------------------
#> oo Accessing GDC. This might take a while...
#> --------------------------------------------
#> ooo Project: TCGA-LGG
#> --------------------
#> oo Filtering results
#> --------------------
#> ooo By sample.type
#> ----------------
#> oo Checking data
#> ----------------
#> ooo Check if there are duplicated cases
#> ooo Check if there results for the query
#> -------------------
#> o Preparing output
#> -------------------
lgg_res <- getResults(query_lgg)
GDCdownload(query = query_lgg)
#> Downloading data for project TCGA-LGG
#> Of the 429 files for download 429 already exist.
#> All samples have been already downloaded
lgg_data <- GDCprepare(query_lgg)
#> Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function 'metadata<-' for signature '"function"'
由 reprex package (v2.0.1)
于 2021-11-10 创建 会话信息sessioninfo::session_info()
#> ─ Session info ──────────────────────────────────────────────────────────────
#> setting value
#> version R version 4.1.0 (2021-05-18)
#> os Ubuntu 20.04.2 LTS
#> system x86_64, linux-gnu
#> ui X11
#> language (EN)
#> collate it_IT.UTF-8
#> ctype it_IT.UTF-8
#> tz Europe/Rome
#> date 2021-11-10
#> pandoc 2.11.4 @ /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/ (via rmarkdown)
#>
#> ─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
#> package * version date (UTC) lib source
#> AnnotationDbi 1.54.1 2021-06-08 [1] Bioconductor
#> assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> backports 1.3.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> Biobase 2.52.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> BiocFileCache 2.0.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> BiocGenerics 0.38.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> biomaRt 2.48.3 2021-08-15 [1] Bioconductor
#> Biostrings 2.60.2 2021-08-05 [1] Bioconductor
#> bit 4.0.4 2020-08-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> bit64 4.0.5 2020-08-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> bitops 1.0-7 2021-04-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> blob 1.2.2 2021-07-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> cachem 1.0.6 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> cli 3.1.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> colorspace 2.0-2 2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> crayon 1.4.2 2021-10-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> curl 4.3.2 2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> data.table 1.14.2 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> DBI 1.1.1 2021-01-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> dbplyr 2.1.1 2021-04-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> DelayedArray 0.18.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> digest 0.6.28 2021-09-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> downloader 0.4 2015-07-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> dplyr 1.0.7 2021-06-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> evaluate 0.14 2019-05-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> fansi 0.5.0 2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> fastmap 1.1.0 2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> filelock 1.0.2 2018-10-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> fs 1.5.0 2020-07-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> generics 0.1.1 2021-10-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> GenomeInfoDb 1.28.4 2021-09-05 [1] Bioconductor
#> GenomeInfoDbData 1.2.6 2021-11-10 [1] Bioconductor
#> GenomicRanges 1.44.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> ggplot2 3.3.5 2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> glue 1.5.0 2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> highr 0.9 2021-04-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> hms 1.1.1 2021-09-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> htmltools 0.5.2 2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> httr 1.4.2 2020-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> IRanges 2.26.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> jsonlite 1.7.2 2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> KEGGREST 1.32.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> knitr 1.36 2021-09-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> lattice 0.20-44 2021-05-02 [4] CRAN (R 4.1.0)
#> lifecycle 1.0.1 2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> magrittr 2.0.1 2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> Matrix 1.3-4 2021-06-01 [4] CRAN (R 4.1.0)
#> MatrixGenerics 1.4.3 2021-08-26 [1] Bioconductor
#> matrixStats 0.61.0 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> memoise 2.0.0 2021-01-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> pillar 1.6.4 2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> plyr 1.8.6 2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> png 0.1-7 2013-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> progress 1.2.2 2019-05-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.cache 0.15.0 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.methodsS3 1.8.1 2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.oo 1.24.0 2020-08-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R.utils 2.11.0 2021-09-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> R6 2.5.1 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rappdirs 0.3.3 2021-01-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> Rcpp 1.0.7 2021-07-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> RCurl 1.98-1.5 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> readr 2.0.2 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> reprex 2.0.1 2021-08-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rlang 0.4.12 2021-10-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rmarkdown 2.11 2021-09-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> RSQLite 2.2.8 2021-08-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rstudioapi 0.13 2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> rvest 1.0.2 2021-10-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> S4Vectors 0.30.2 2021-10-03 [1] Bioconductor
#> scales 1.1.1 2020-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> sessioninfo 1.2.1 2021-11-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> stringi 1.7.5 2021-10-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> styler 1.6.2 2021-09-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> SummarizedExperiment 1.22.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> TCGAbiolinks * 2.20.1 2021-10-07 [1] Bioconductor
#> TCGAbiolinksGUI.data 1.12.0 2021-05-20 [1] Bioconductor
#> tibble 3.1.6 2021-11-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> tidyr 1.1.4 2021-09-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> tidyselect 1.1.1 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> tzdb 0.2.0 2021-10-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> utf8 1.2.2 2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> vctrs 0.3.8 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> withr 2.4.2 2021-04-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> xfun 0.28 2021-11-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> XML 3.99-0.8 2021-09-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> xml2 1.3.2 2020-04-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> XVector 0.32.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#> yaml 2.2.1 2020-02-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
#> zlibbioc 1.38.0 2021-05-19 [1] Bioconductor
#>
#> [1] /home/matt/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1
#> [2] /usr/local/lib/R/site-library
#> [3] /usr/lib/R/site-library
#> [4] /usr/lib/R/library
#>
#> ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
我试图调查错误，它导致我遇到问题 #198，但没有成功。
此外，据我了解，此错误与应用于未定义 S4 方法的对象的 S4 泛型函数有关，如所讨论的
我错过了什么吗？有人可以帮我吗？
提前致谢！
软件包中提供了对蛋白质组分析的支持。要获得最新版本，应使用以下命令从 Github 安装软件包 BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") (see here).