pythoncgi交互找不到graphviz程序twopi

Question

我有一个令人抓狂的错误，我的 python 脚本在运行独立执行某些操作时成功，但在运行作为由 [=89= 调用的 cgi 脚本时失败]的$.ajax()。欢迎任何见解。

我正在使用本地 apache2 服务器在我的新 MacbookPro (macOS 11.6) 上本地开发此 Web 应用程序，我已将其配置为运行相关目录中的 .py 文件作为 cgi 程序。

相关的工作部分是这些：

本地在我的新 MacbookPro (macOS 11.6)
graphviz 二进制文件已安装：/opt/homebrew/bin/twopi:
twopi - graphviz 版本 2.49.2 (20211016.1639)
pygraphviz 1.7
Python 3.9.7: /opt/homebrew/opt/python@3.9/bin/python3.9
rdflib 版本：'6.03a'

此应用程序由 python cgi 脚本驱动，其目的是使用 python 从本地文件系统检索一些数据，并从 Web 上的 AllegroGraph 实例检索一些 RDF 数据的 requests 模块，然后使用 graphviz 和 python 的 pygraphviz 模块在网页中布局和显示图形可视化。

javascript 发出这样的 GET 请求：

function graphMe(charter){
    $.ajax({
        type: "get",
        url: "cartametallon.py",
        data: {"graphMe": charter},
        dataType: 'json',
        success: deploySVG,
        error: function(jqXHR, textStatus, errorThrown) {
            console.log(jqXHR.response, textStatus, errorThrown);
        }
    });
}

python cgi 脚本使用 cgi 模块处理此请求，如下所示：

import cgi, cgitb
cgitb.enable(format="text")
form = cgi.FieldStorage()

try:
    if 'graphMe' in form:
        charter = form.getvalue('graphMe')
        uri = "<http://chartex.org/graphid/" + charter + ">"
        
        print ("Content-Type: application/json\r\n\r\n")
        print (json.dumps(visualizeDocumentGraph(uri)))
        
except Exception:
    print ("Content-Type: text/plain\n")
    print("Exception in user code:")
    print("~"*20, __file__.split('/')[-1], "~"*20)
    traceback.print_exc(file=sys.stdout)
    print("~"*60)

visualizeDocumentGraph() 函数从多个来源收集图形数据和元数据并将其存储在 dict 中，然后应将其 return 作为 [=90= 编辑到引用页面] 目的。该对象中存储的内容之一是图形的 SVG 字符串，由 graphviz 的 twopi 算法布局。我已经验证此 python 函数的每个元素都按预期工作，并且当在命令行运行时，它 return 是预期的对象；但是，对 jQuery.ajax() 请求的响应如下所示：

Content-Type: text/plain

Exception in user code:
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ cartametallon.py ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1344, in _get_prog
    runprog = self._which(prog)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1800, in _which
    raise ValueError(f"No prog {name} in path.")
ValueError: No prog twopi in path.

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "~/Sites/cartametallon/cartametallon.py", line 661, in <module>
    print (json.dumps(visualizeDocumentGraph(uri)))
  File "~/Sites/cartametallon/cartametallon.py", line 292, in visualizeDocumentGraph
    dgsvg = makedot(g).draw(format='svg', prog='twopi')
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1596, in draw
    data = self._run_prog(prog, args)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1360, in _run_prog
    runprog = r'"%s"' % self._get_prog(prog)
  File "/opt/homebrew/lib/python3.9/site-packages/pygraphviz/agraph.py", line 1346, in _get_prog
    raise ValueError(f"Program {prog} not found in path.")
ValueError: Program twopi not found in path.

这就是谜题：在 cgi 交互中它“显示”找不到 twopi 程序，但是运行本身，我的 python 脚本没有问题。 twopi 二进制文件安装在 /opt/homebrew/bin/twopi，可通过环境变量 PATH:

轻松访问

% echo $PATH
~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

很明显，我的 python 脚本也知道这一点。它不仅在脚本运行单独执行时成功执行，而且明确知道在哪里可以找到它：

>>> os.get_exec_path()
['~/opt/anaconda3/condabin', '/opt/homebrew/bin', '/opt/homebrew/sbin', '/usr/local/bin', '/usr/bin', '/bin', '/usr/sbin', '/sbin']

我无法将我的 python 脚本转换为 return 我需要的 json 网页，哎呀！由于我正在尝试做的是重构和更新运行在 https://neolography.com/chartex/ 上很好的现有应用程序，这让这变得更加令人抓狂。这个工作程序最近被转移到一个新的网络主机上，需要稍微修改一下才能让它再次工作，而且图形输出不如我的旧主机，因为 A2 主机坚持安装旧版本的 graphviz（不要'任务）。因此，该工作程序的相关工作部分是：

twopi - graphviz 版本 2.30.1 (20201013.1554)
pygraphviz 1.5
Python 2.7.18（默认，2021 年 7 月 8 日，01:00:23）
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] 在 linux2
（这个 python 必须运行在虚拟环境中安装，这样我才能安装它:)
RDFLib 版本：5.0.0

Answer 1

我花了几天时间，但多亏了 Thomas 的评论，一些观察 here, and the docs for the python os module 本身，我终于明白了“PATH”环境变量，当我运行一个脚本在命令行，与正在执行的 cgi 程序上下文中的相同变量完全不同。

 % echo $PATH
~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

和

>>> os.environ["PATH"]
'~/opt/anaconda3/condabin:/opt/homebrew/bin:/opt/homebrew/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin'

与 os.environ["PATH"] 不同，当它被 apache 引用时运行是 cgi 脚本。

更糟糕的是，我将 $PATH 变量与 python 的 sys.path 混为一谈，后者的目的完全不同。我的 cgi 程序，使用 pygraphviz，试图执行 twopi，一个位于 /opt/homebrew/bin 的二进制文件，在执行 cgi 程序的上下文中，它可用的 PATH 变量如下所示：

"/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:"

在 cgi 程序中向该变量添加必要的路径很容易，如下所示：

os.environ["PATH"] = f"{os.environ['PATH']}:/opt/homebrew/bin"

这解决了我的问题。可是，我还是不放心。这似乎是一种骇人听闻的方法。我仍然不完全理解为什么 apache 的 PATH 不同于 python 解释器可用的 $PATH，或者在命令行的脚本运行中。我收集到 cgi 程序可用的 PATH 是不同的，因为 apache 以不同的用户身份执行它 (_www)。

最好知道是否有更规范的方法来解决这个问题。我们将不胜感激地收到有关文档的任何建议，以澄清我对此问题的理解。

pythoncgi交互找不到graphviz程序twopi

python cgi interaction fails to find graphviz program twopi

ajax

cgi

graphviz

rdflib

pygraphviz