将多个 moran.test 输出转换为结构化、可存储、可复制粘贴的字符串

Question

我希望将 spdep::moran.test 的输出折叠成一个字符串，该字符串由变量名称和值定期构建，并且可以作为文本值保存到数据框中，并且在RStudio console 和 copy-pastable 到 MS Word 中形成一个 table 没有太多额外的手动调整。（我对运行进行了多项测试，并希望一次性复制粘贴它们的输出。）

在寻找解决方案的过程中，我偶然发现了 report 包，它声称可以将 htest class 对象转换为“报告”（我不知道这在 R 中是什么样子），因此可能在某种程度上实现我的目标。但是，report 函数在 moran.test 上不起作用，如下面的代码所示。

我正在探索，可能还有其他我没有考虑过的更直接的方法。因此，我的问题是双重的：1. 用 report and/or 解决眼前的问题 2. 为我的目标提供一个更有效的替代解决方案。

下面的数据准备取自https://mgimond.github.io/simple_moransI_example.

library(sf)
library(spdep)
library(report)

# Load shapefile
s <- readRDS(url("https://github.com/mgimond/Data/raw/gh-pages/Exercises/nhme.rds"))

# Prevent error "old-style crs object detected; please recreate object with a recent sf::st_crs()"
st_crs(s) <- st_crs(s)

# Define neighboring polygons
nb <- poly2nb(s, queen=TRUE)

# Assign weights to the neighbors
lw <- nb2listw(nb, style="W", zero.policy=TRUE)

# Run Moran’s I test
(mt <- moran.test(s$Income,lw, alternative="greater"))
#Moran I test under randomisation
#data:  s$Income  
#weights: lw    
#Moran I statistic standard deviate = 5.8525, p-value = 2.421e-09
#alternative hypothesis: greater
#sample estimates:
#  Moran I statistic       Expectation          Variance 
#0.68279551       -0.04000000        0.01525284

# Moran’s I test is of class htest required by function report::report
class(mt)
#[1] "htest"

# Function report::report returns an error
report(mt)
#Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "tau", value = c(`Moran I statistic` = 0.68279551202875,  : 
#  replacement has 3 rows, data has 1

所需的输出可能类似于：

"P-value 2.421e-09 | Statistic 0.68279551 | Expectation -0.04000000 | Variance 0.01525284"

重点是名称和值，而不是分隔符。这是基于我目前对如何处理此任务的假设，这些假设可能不完善。

Answer 1

您可能想看看 broom 包：

broom::tidy(mt)
#> # A tibble: 1 x 7
#>   estimate1 estimate2 estimate3 statistic    p.value method          alternative
#>       <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>      <dbl> <chr>           <chr>      
#> 1     0.683     -0.04    0.0153      5.85    2.42e-9 Moran I test u… greater

library(tidyverse)
mt %>%
  broom::tidy() %>%
  as.list() %>% 
  enframe() %>%
  mutate(value = value %>% as.character()) %>% unite(data, sep = "=") %>%
  pull(data) %>%
  paste0(collapse = ", ")
#> [1] "estimate1=0.68279551202875, estimate2=-0.04, estimate3=0.0152528397222445, statistic=c(`Moran I statistic standard deviate` = 5.85248209823413), p.value=2.42145194022024e-09, method=Moran I test under randomisation, alternative=greater"

您可以创建一个 table 并从多个测试中创建一个 csv 文件（例如，具有 class htest 的多个对象，例如 mt、mt1和 mt2):

list(mt, mt2, mt3) %>% map(broom::tidy) %>% bind_rows() %>% write_csv("tests.csv")

将多个 moran.test 输出转换为结构化、可存储、可复制粘贴的字符串

Convert multiple moran.test outputs into structured, storable, copy-pastable strings

r

report