Repast Simphony:使用展开的参数文件进行批处理
Repast Simphony: Using unrolled parameter files for batch runs
我想使用展开的参数文件在无头模式下使用 Repast Simphony 的批处理 运行ner 以避免使用 nxn 实验设置。我已经设法使用控制台和参数文件创建了一个 jar,但找不到实际启动创建的模型 jar 的方法,因为 -运行 选项在使用自定义展开参数时似乎无效文件。
有人对如何进行那里有一些建议吗?
目前,无法使用自定义 upf 并让 simphony 分块 upf 并分发 运行 这些块在不同的主机上。您可以使用 -u / --upf
参数将您的自定义 upf 包含在有效负载中,然后 运行 通过 slurm 或 PBS 调度程序在 HPC 系统上包含该参数。在 运行s 入门文档中有这方面的说明。
那些 HPC 运行s 使用一个脚本 运行s 单独的 upf 文件的一些块。这对您来说可能是一个有用的解决方法。
sed -n "$begin","$end"p "$paramFile" > localParamFile.txt
mkdir $instanceDir
cd $instanceDir
java -Xmx512m -cp "../lib/*" repast.simphony.batch.InstanceRunner \
-pxml ../scenario.rs/batch_params.xml \
-scenario ../scenario.rs \
-id $instance \
-pinput localParamFile.txt
这里的想法是 sed
用于分块 upf 文件,从第 $begin 行开始到第 $end 行结束,并将其写入 localParamFile.txt
。然后启动 InstanceRunner
并迭代该文件中的每一行并使用每一行作为输入执行模型 运行。
您可以对此进行调整并手动分块您的自定义文件,然后 运行 InstanceRunner。
我想使用展开的参数文件在无头模式下使用 Repast Simphony 的批处理 运行ner 以避免使用 nxn 实验设置。我已经设法使用控制台和参数文件创建了一个 jar,但找不到实际启动创建的模型 jar 的方法,因为 -运行 选项在使用自定义展开参数时似乎无效文件。
有人对如何进行那里有一些建议吗?
目前,无法使用自定义 upf 并让 simphony 分块 upf 并分发 运行 这些块在不同的主机上。您可以使用 -u / --upf
参数将您的自定义 upf 包含在有效负载中,然后 运行 通过 slurm 或 PBS 调度程序在 HPC 系统上包含该参数。在 运行s 入门文档中有这方面的说明。
那些 HPC 运行s 使用一个脚本 运行s 单独的 upf 文件的一些块。这对您来说可能是一个有用的解决方法。
sed -n "$begin","$end"p "$paramFile" > localParamFile.txt
mkdir $instanceDir
cd $instanceDir
java -Xmx512m -cp "../lib/*" repast.simphony.batch.InstanceRunner \
-pxml ../scenario.rs/batch_params.xml \
-scenario ../scenario.rs \
-id $instance \
-pinput localParamFile.txt
这里的想法是 sed
用于分块 upf 文件,从第 $begin 行开始到第 $end 行结束,并将其写入 localParamFile.txt
。然后启动 InstanceRunner
并迭代该文件中的每一行并使用每一行作为输入执行模型 运行。
您可以对此进行调整并手动分块您的自定义文件,然后 运行 InstanceRunner。