R ComplexUpset 包中的内存管理

Question

我正在尝试使用 ComplexUpset 包在扰乱图中绘制堆叠条形图。我想要得到的情节看起来像这样（在我的例子中 mpaa 将是组件）：

我有一个大小为 57244 x 21 的数据框，其中一列是 ID，另一列是记录类型，其他 19 列是从 1 到 19 的组件：

ID  component1   component2 ... component19   type
1   1            0              1             a
2   0            0              1             b
3   1            1              0             b

1 和 0 表示与某个组件的隶属关系。如文档中的 example 所示，我首先将这些 1 和 0 转换为逻辑，然后尝试绘制基本的翻转图。这是代码：

df <- df %>% mutate(across(where(is.numeric), as.logical))
components <- colnames(df)[2:20]
upset(df, components, name='protein', width_ratio = 0.1)

但不幸的是，在处理最后一行时思考了一会儿，它吐出这样的错误消息：

Error: cannot allocate vector of size 176.2 Mb

虽然我知道我使用的是 32Gb RAM 体系结构，但我确定我不能将内存淹没到无法分配 167 Mb 的程度，所以我猜我是在 R 中管理内存不知何故错误。如果可能的话，你能解释一下我的代码有什么问题吗？

我也知道 UpsetR 包绘制相同的数据，但据我所知它没有提供堆叠条形图的方法。

Answer 1

不知何故，如果你：

调整 min_size 参数，使情节不会过载并给人留下更好的印象
将 ComplexUpset 的第一个参数设为包含一些数据的样本也有帮助，即使您的样本是整个数据集。

R ComplexUpset 包中的内存管理

Memory management in R ComplexUpset Package

r

upsetplot