访问R markdown参数文件的原始文件名

Question

我想为用户提供一种方便的方式来定义输入文件。为此，我在降价中使用了参数功能。如果我“使用参数编织”，我会被要求提供输入文件。

有机会找回文件名吗？因为我在降价期间创建了一些不同的文件，所以我会使用输入文件的文件名作为前缀。到目前为止，文件上传到一个临时目录中，原始文件名丢失了。

如何通过下拉菜单将文件名和位置获取到我的 markdown 文档中？我不希望用户手动写入路径和文件名。

---
title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
  date_file:
    label: "date file"
    value: 'dates.tsv'
    input: file
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

Filename: `r params$date_file`

Answer 1

您可以让用户 select 在呈现文档中的一个文件 embedding a Shiny application。需要注意的是，所有涉及用户 selection 的依赖项的表达式都必须包含在 reactive() 中。如果您正在尝试教授 R，这显然不是最佳选择，但如果它有助于或激发更好的答案，这里有一个例子：

## Create a TSV file for testing
cat("x\ty\n1\t2\n3\t4\n", file = "test.tsv")

---
title: "Untitled"
output: html_document
runtime: shiny
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

Users can select a file by interacting with an embedded Shiny application.

```{r ui, echo=FALSE}
inputPanel(
  fileInput("file", label = "Select a TSV file:", accept = ".tsv")
)
```

User input is stored in a named list-like object `input`, 
but this object can only be accessed inside of a _reactive context_.

```{r test1, error=TRUE}
input$file$name
## Name of file selected by user ... _not_ an absolute or relative path
fn <- reactive(input$file$name)
fn
## Absolute path of temporary copy of file
dp <- reactive(input$file$datapath)
dp
```

Don't be misled by how `fn` and `dp` are printed. They are not 
strings, but _reactive expressions_. As as a result, they, too, 
must be handled inside of a reactive context.

```{r test2}
class(fn)
reactive(class(fn()))
```

Some more examples:

```{r test3, error=TRUE}
## Define reactive data
dd <- reactive(read.table(file = dp(), sep = "\t", header = TRUE))
## Do stuff with it
reactive(names(dd()))
reactive(nrow(dd()))
## Write object to file in _working directory_
reactive(saveRDS(dd(), file = sub("tsv$", "rds", fn())))
```

Answer 2

除了使用 Shiny 运行时间，您还可以使用 Shiny Gadgets in combination with customized Knit button behavior (To my understanding, this is largely what's happening when you use 'Knit with Parameters')

您需要两件事：运行小工具的功能，编织时运行的功能。

该小工具本质上是一个闪亮的应用程序，但您可以使用 miniUI 中的专用 UI 元素。作为 mini-app，您可以做的还有很多，但这里是一个基本实现。

library(shiny)
library(miniUI)

get_file_param <- function(){
  
  ui <- miniPage(
    miniContentPanel(
      
      fileInput("dateFile", "Date File")
      
      # ...Other UI elements to collect other parameters... 
      
    ),
    miniTitleBar(
      NULL,
      right = miniButtonBlock(
        miniTitleBarCancelButton(),
        miniTitleBarButton("done", "Done", primary = TRUE))
    )
    
  )
  
  server <- function(input, output, session){
    
    # Handle the Done button being pressed
    observeEvent(input$done, {
      # Return the full file info data.frame. See ?shiny::fileInput
      stopApp(input$dateFile)
    })
    
  }
  
  runGadget(
    app = ui, 
    server = server, 
    viewer = paneViewer() #dialogViewer("Knit with Parameters - Custom UI")
  )
  
}

knit 函数将调用小工具，然后在对 rmarkdown::render

的调用中使用其输出

knit_with_file <- function(input, ...){
  
  fileInfo <- get_file_param()
  
  rmarkdown::render(
    input,
    params = list(
      date_file = list(name = fileInfo$name, datapath = fileInfo$datapath)
    ),
    envir = globalenv()
  )
  
}

要自定义编织按钮，您需要为文档 YAML header 中的 knit 字段提供一个函数。 R Markdown cookbook 建议您将其保存在一个包中，但我将上述两个函数都放在文件 ("knitFx.R") 中，rmarkdown 文档将获取该文件。

---
title: "Untitled"
date: "11/16/2021"
output: html_document
params:
  date_file: 'dates.tsv'
knit: (function(input, ...) {

    source("knitFx.R")
    
    knit_with_file(input, ...)

  })
---
  
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

**Original Name of Uploaded File**: *`r params$date_file$name`*

**Local Temp File Path**: *`r params$date_file$datapath`*

当用户点击“Knit”时，会显示一个UI来选择文件。基于上面的实现，name 和 datapath 将可以在 rmarkdown 文档中使用。

这是呈现的 HTML 文档：

访问R markdown参数文件的原始文件名

Accessing the original file name of R markdown parameters file

parameters

markdown

r