如何使用函数获得的多个图在 R 中创建演示文稿？

Question

我创建了一个函数，可以根据列表为您提供所需的地块数量。

这是我创建的示例。

list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))

我最后的 objective 是用我从我的函数生成的所有图表（自动）创建一个演示文稿。

但是，如果我尝试创建一个 ioslides_presentation，它们不会出现（只有第一个和第二个的一点点）。

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS 

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")


myfunction <- function(x,y){
  
  for(gene in list_genes){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
  }
}

myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45))
```

该代码是我原始功能的一个小示例，但足以向您展示我的问题。我试图将绘图保存到对象中，但由于它是基于 R 的，所以我不能（或者至少，它不能正常工作）。我知道我可以用 ggplot2 做到这一点，但是，我想在这里问一下，以防万一有人知道如何在这种情况下进行演示，然后再更改完整的原始功能。

有谁知道怎么解决的吗？

非常感谢

此致

Answer 1

有几种方法可以获得它。恕我直言，最简单的方法是从函数中调用 mfrow 或 mfcol 并为所有绘图创建一个全局调用，例如：

---
title: "My presentation"
output: ioslides_presentation
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## PLOTS

```{r}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")

myfunction <- function(x,y){
  for(gene in list_genes){
    stripchart(x, method = "jitter", vertical = FALSE, 
               main = paste0("Plot of ", gene))
    hist(x, main = paste0("Plot of ", gene))
  }
}

par(mfcol = c(2, 3))
myfunction(x = c(1, 5, 6, 2, 4, 30, 23, 12, 45))
```

补充说明：在R代码中最好使用FALSE而不是F。 FALSE 是保留字，而 F 是“脆弱的”，因为它可以重新定义。

Answer 2

感谢@tpetzoldt 和这个 post，我找到了我需要的东西！

我不得不稍微更改函数并在循环内创建演示文稿的 headers。

解决方法如下：

---
title: "Create a presentation with several plots"
output:
    ioslides_presentation
---

```{r, echo=FALSE}
myfunction <- function(x, gene){
    # This to draw both plots
      par(mfrow=c(2,1))  
      
      stripchart(x, method="jitter", vertical=F, main=paste0("Plot of ", gene))
      
      hist(x, main=paste0("Plot of ", gene))
}
```

```{r, echo=FALSE}
list_genes <- c("GEN1", "GEN2", "GEN3")
```


```{r, echo = FALSE, results = "asis"}
for(gene in list_genes){
  cat("\n\n## Plot of ", gene, "\n\n")
  myfunction(x=c(1,5,6,2,4,30,23,12,45), gene)
}
```

如何使用函数获得的多个图在 R 中创建演示文稿？

How to create a presentation in R with several plots obtained by a function?

r

function

histogram

stripchart

ioslides