通过 plink 1.9 及其变体名称将 vcf 中的多等位基因拆分为双等位基因
Split multiallelic to biallelic in vcf by plink 1.9 and its variant name
我正在尝试使用 plink1.9 将多等位基因拆分为双等位基因。输入是
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
它所做的是：
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
我期望的是：
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A 0 930952 A G
1 chr1:930952:G:C 0 930952 A G
请帮我制作一个符合我期望的vcf 或ped 或map 文件。
谢谢。
我用bcftools完成了任务。
我正在尝试使用 plink1.9 将多等位基因拆分为双等位基因。输入是
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
它所做的是：
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
1 chr1:930952:G:A;chr1:930952:G:C 0 930952 A G
我期望的是：
1 chr1:930939:G:A 0 930939 G A
1 chr1:930947:G:A 0 930947 A G
1 chr1:930952:G:A 0 930952 A G
1 chr1:930952:G:C 0 930952 A G
请帮我制作一个符合我期望的vcf 或ped 或map 文件。 谢谢。
我用bcftools完成了任务。