由于脚本无法读取文件，执行暂停
execution halted as the script is not able to read the file
我是 运行 R 脚本，使用命令：Rscript gtex_tiss_chrom.R 1
这个脚本的内容是：
source("../code/gtex_v7_nested_cv_elnet.R")
"%&%" <- function(a,b) paste(a,b, sep='')
argv <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
chrom <- argv[1]
#tiss <- argv[1]
#chrom <- argv[2]
snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"
gene_annot_file <- "../output/gene_annot.parsed.txt"
genotype_file <- "../output/genotype.chr" %&% chrom %&% ".txt"
expression_file <- "../output/transformed_expression.txt"
covariates_file <- "../output/covariates.txt"
prefix <- "Model_training"
main(snp_annot_file, gene_annot_file, genotype_file, expression_file, covariates_file, as.numeric(chrom), prefix, null_testing=FALSE)
错误：
文件错误（文件，“rt”）：无法打开连接
调用：main ... get_filtered_snp_annot -> %>% -> distinct -> filter -> read.table -> file
另外： 警告信息：
在文件（文件，“rt”）中：
无法打开文件 'snp_annot.chrNA.txt': 没有那个文件或目录
执行暂停
根据评论中的讨论，这里是答案。
代码中：
chrom <- argv[1]：将第一个参数分配给 chrom 变量。snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"。这将分配文件名 "../output/snp_annot.chr<VALUE OF CHROM>.txt".- 如果
argv[1] 未分配，chrom 将被分配 NA。
- 因此文件名构建为
"../output/snp_annot.chrNA.txt"。
- 并且该文件不存在，因此出现您的错误消息。
解决方法是稍微修改一下代码：
- 如果要将文件名传递给脚本，请使用：
snp_annot_file <- chrom。
- 这样就可以直接使用您使用的参数的值。
- 或者您可以根据需要在脚本中硬编码文件名。
仅供参考：
- 第二行也是如此：
snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"
我是 运行 R 脚本，使用命令：Rscript gtex_tiss_chrom.R 1 这个脚本的内容是：
source("../code/gtex_v7_nested_cv_elnet.R")
"%&%" <- function(a,b) paste(a,b, sep='')
argv <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
chrom <- argv[1]
#tiss <- argv[1]
#chrom <- argv[2]
snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"
gene_annot_file <- "../output/gene_annot.parsed.txt"
genotype_file <- "../output/genotype.chr" %&% chrom %&% ".txt"
expression_file <- "../output/transformed_expression.txt"
covariates_file <- "../output/covariates.txt"
prefix <- "Model_training"
main(snp_annot_file, gene_annot_file, genotype_file, expression_file, covariates_file, as.numeric(chrom), prefix, null_testing=FALSE)
错误： 文件错误（文件，“rt”）：无法打开连接 调用：main ... get_filtered_snp_annot -> %>% -> distinct -> filter -> read.table -> file 另外： 警告信息： 在文件（文件，“rt”）中： 无法打开文件 'snp_annot.chrNA.txt': 没有那个文件或目录 执行暂停
根据评论中的讨论，这里是答案。
代码中：
chrom <- argv[1]：将第一个参数分配给chrom变量。snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"。这将分配文件名"../output/snp_annot.chr<VALUE OF CHROM>.txt".- 如果
argv[1]未分配，chrom 将被分配 NA。 - 因此文件名构建为
"../output/snp_annot.chrNA.txt"。 - 并且该文件不存在，因此出现您的错误消息。
解决方法是稍微修改一下代码：
- 如果要将文件名传递给脚本，请使用：
snp_annot_file <- chrom。 - 这样就可以直接使用您使用的参数的值。
- 或者您可以根据需要在脚本中硬编码文件名。
仅供参考：
- 第二行也是如此：
snp_annot_file <- "../output/snp_annot.chr" %&% chrom %&% ".txt"