如何根据 R 列表中的列重新排序 tidygraph 对象列表？

Question

我有一个 tidygraph 对象的列表。我正在尝试根据特定条件对列表元素重新排序。也就是说，我的列表中的每个元素都有一个名为 name 的列。我正在尝试将具有相同 name 列的列表元素组合在一起......但我也想按照它们的计数降序对它们进行分组（即，等于 name 列的计数在每个列表元素中）。希望我的例子能解释得更清楚。

首先，我创建一些数据，将它们变成 tidygraph 对象并将它们放在一个列表中：

library(tidygraph)
library(tidyr)

# create some node and edge data for the tbl_graph
nodes1 <- data.frame(
  name = c("x4", NA, NA),
  val = c(1, 5, 2)
)
nodes2 <- data.frame(
  name = c("x4", "x2", NA, NA, "x1", NA, NA),
  val = c(3, 2, 2, 1, 1, 2, 7)
)
nodes3 <- data.frame(
  name = c("x1", "x2", NA),
  val = c(7, 4, 2)
)
nodes4 <- nodes1
nodes5 <- nodes2
nodes6 <- nodes1

edges <- data.frame(from = c(1, 1), to = c(2, 3))
edges1 <- data.frame(
  from = c(1, 2, 2, 1, 5, 5),
  to = c(2, 3, 4, 5, 6, 7)
)

# create the tbl_graphs
tg_1 <- tbl_graph(nodes = nodes1, edges = edges)
tg_2 <- tbl_graph(nodes = nodes2, edges = edges1)
tg_3 <- tbl_graph(nodes = nodes3, edges = edges)
tg_4 <- tbl_graph(nodes = nodes4, edges = edges)
tg_5 <- tbl_graph(nodes = nodes5, edges = edges1)
tg_6 <- tbl_graph(nodes = nodes6, edges = edges)


# put into list
myList <- list(tg_1, tg_2, tg_3, tg_4, tg_5, tg_6)

因此，我们可以看到 myList 中有 6 个 tidygraph 个对象。

检查每个元素，我们可以看到 3 个对象具有相同的 name 列（即 x4,NA,NA）.... 2 个对象具有相同的 name 列（"x4", "x2", NA, NA, "x1", NA, NA).. 剩下 1 个对象 (x1,x2,NA).

使用一个小函数来获取同名列的计数：

# get a count of identical list elements based on `name` col
counts <- lapply(myList, function(x) {
  x %>%
    pull(name) %>%
    paste0(collapse = "")
}) %>%
  unlist(use.names = F) %>%
  as_tibble() %>%
  group_by(value) %>%
  mutate(val = n():1) %>% 
  slice(1) %>%
  arrange(-val)

为了清楚起见：

> counts
# A tibble: 3 × 2
# Groups:   value [3]
  value                  val
  <chr>                <int>
1 x4 NA NA                 3
2 x4 x2 NA NA x1 NA NA     2
3 x1 x2 NA                 1

我想根据 counts 对象中的 val 列重新排列 myList 中列表元素的顺序。

我想要的输出看起来像这样（我只是手动重新排序）：

myList <- list(tg_1, tg_4, tg_6, tg_2, tg_5, tg_3)

有没有一种方法可以根据相同 name 列的数量自动重新排序我的列表？

更新：

所以我尝试的解决方案是执行以下操作：

ind <- map(myList, function(x){
  x %>%
    pull(name) %>%
    replace_na("..") %>%
    paste0(collapse = "")
}) %>%
  unlist(use.names = F) %>%
  as_tibble() %>%
  mutate(ids = 1:n()) %>%
  group_by(value) %>%
  mutate(val = n():1) %>% 
  arrange(value) %>% 
  pull(ids)

# return new list of trees
myListNew <- myList[ind]

以上代码按 name 列和 returns 名为 ind 的索引对列表元素进行分组。然后我通过 ind 索引索引我的原始列表以重新排列我的列表。

但是，我仍然想找到一种方法来根据每个相同 name 变量的总量对新列表进行排序...我还没有弄清楚。

Answer 1

经过几个小时的测试，我终于有了一个可行的解决方案。

ind <- map(myList, function(x){
  x %>%
    pull(name) %>%
    replace_na("..") %>%
    paste0(collapse = "")
}) %>%
  unlist(use.names = F) %>%
  as_tibble() %>%
  mutate(ids = 1:n()) %>%
  group_by(value) %>%
  mutate(val = n():1) %>% 
  arrange(value) 

ind <- ind %>%
  group_by(value) %>%
  mutate(valrank = min(ids)) %>%
  ungroup() %>%
  arrange(valrank, value, desc(val)) %>% 
  pull(ids)

# return new list of trees
myListNew <- myList[ind]

以上代码按 name 字母顺序排列列表。然后我按名称分组并创建另一列对该行进行排名。然后我可以根据这个变量重新排列行。最后我按结果索引。

如何根据 R 列表中的列重新排序 tidygraph 对象列表？

How to reorder a list of tidygraph objects based on a column in the list in R?

r

tidygraph