eval(family$initialize, rho) 错误：拟合 GLMM 时 y 值必须为 0 <= y <= 1

Question

尝试拟合 GLMM，该 GLMM 包含对女性和总体的随机效应，并包括测试的固定效应和交互作用：

男性和女性的耐热性是否不同？
不同地区的果蝇对热冲击的耐受性是否不同？
基础和硬化处理是否不同，即是否有适应性？
两个地区的驯化效果有区别吗？
两性的适应效果是否不同？
性别对这两个地区的影响是否不同？

我还需要使用包含在我的代码中的 'individual level random effect'：

datheat$replicateID = factor(1:nrow(datheat))

mod = glmer(Survival ~ sex + region + treatment + treatment*region + 
treatment*sex + sex*region + (1|isofemale) + (1|population) + 
(1|replicateID), data = datheat, family =
binomial)
summary(mod)

但是，我不断收到此错误，我不确定如何解决它：

Error in eval(family$initialize, rho) : y values must be 0 <= y <= 1

这是我的数据示例 (datatheat)：

注意缩写的列名称（pop=population、iso = isofemale、S*= Survival, X=X..<something>)

    region      pop treatment   iso sex     rep n   S*  X   proportion
1   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 1   10  2   20  0.2
2   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 2   10  1   10  0.1
3   Southwest   CAJ hardening   D1  Females 3   10  5   50  0.5
32  Southwest   REG hardening   R4  Females 1   10  3   30  0.3
33  Southwest   REG hardening   R4  Females 2   10  1   10  0.1
34  Southwest   REG hardening   R4  Females 3   10  3   30  0.3
60  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 1   10  5   50  0.5
61  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 2   10  3   30  0.3
62  Southwest   REG hardening   Southwest2  Females 3   10  0   0   0
74  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 1   10  2   20  0.2
75  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 2   10  3   30  0.3
76  Southwest   PAV hardening   Pa1 Females 3   10  4   40  0.4
136 Southwest   CAN hardening   C2  Females 1   10  0   0   0
137 Southwest   CAN hardening   C2  Females 2   10  1   10  0.1
138 Southwest   CAN hardening   C2  Females 3   10  0   0   0

谢谢！

Answer 1

?binomial 帮助页面（在 base R 中）解释了如何指定二项式响应。假设你的数据集中的n列是每次试验的个体数，你要么需要指定'successes'和'failures'的个数作为两列矩阵的列数:

glmer(cbind(Survival, n-Survival) ~ ..., ...)

或指定幸存的比例并给出分母（暴露的总数）作为weights参数：

glmer(proportion ~ ..., ..., weights = n)

虽然前者在 R 示例中更常见，但我更喜欢后者（但答案应该相同）。

eval(family$initialize, rho) 错误：拟合 GLMM 时 y 值必须为 0 <= y <= 1

Error in eval(family$initialize, rho) : y values must be 0 <= y <= 1 when fitting a GLMM

r

random-effects

mixed-models