pytables 中父子关系的推荐方式

Question

我正在使用 pytables，我正在尝试实现父子关系。例如，我想存储多支球队，每支球队有多名球员。我可以通过以下方式进行：

import tables as tb



class Team(tb.IsDescription):
    id = tb.Int32Col() #Id of team
    name = tb.StringCol(20) #Name of team


class Player(tb.IsDescription):
    team = tb.Int32Col() #Link to team::team_id
    name = tb.StringCol(20) #Name of player

f = tb.open_file('test.h5',mode='w',title='test')
table_team = f.create_table(f.root,'teams',Team)
table_player = f.create_table(f.root,'players',Player)

team = table_team.row
team['id'] = 0
team['name'] = 'Barcelona'
team.append()

player0 = table_player.row
player0['team'] = 0
player0['name'] = 'De Jong'
player0.append()

player1 = table_player.row
player1['team'] = 0
player1['name'] = 'Fati'
player1.append()

f.close()

但是，pytables 文档对此有如下说明 (https://www.pytables.org/cookbook/hints_for_sql_users.html)：

"You may have noticed that queries in PyTables only cover one table. In fact, there is no way of directly performing a join between two tables in PyTables (remember that it’s not a relational database)."

然后继续为连接查询提供一些解决方法。然而，正如他们所说，pytables 不是关系数据库。因此，我没有使用基于关系的方法和变通方法，而是有以下问题：

在pytables中实现父子结构的recommended/standard方式是什么？

Answer 1

您的用例是否需要父子关系？我认为 HDF5 分层数据结构将组织您的实验数据。为每个实验创建一个不同的 Table，将行作为数据点。实验元数据作为属性存储在每个 table.

上

我用“虚拟数据”创建了一个简单示例来演示此架构。

注意：为简单起见，我更喜欢使用 NumPy 来创建 Table。首先，我创建了一个数据类型 (exp_dt)，然后使用它来创建基线“实验数据”作为 NumPy recarrry (exp_arr)。 Table 数据是通过修改 exp_arr 中的时间和压力值创建第二个数组 (data)。我使用 obj=data 参数将 data 加载到每个 table 中。可以修改示例以创建 class Experiment(tb.IsDescription) 并逐行加载数据。

代码如下：

# define table structure with NumPy dtype
exp_dt = np.dtype( [ ('Time',float),('Temp',float),('Pres',float) ] )

# create baseline dummy data (used later)
exp_arr = np.empty(shape=(11,), dtype=exp_dt)
for i in range(11):
    exp_arr[i]['Time'] = i/10.
    exp_arr[i]['Temp'] = i**2/10.
    exp_arr[i]['Pres'] = 2.*i

# create empty recarray; used to load experimental data
data = np.empty(shape=(11,), dtype=exp_dt)

# create some metadata for experiment date, time and device
date_list = ['11/17/2021','11/19/2021','11/23/2021']
time_list = ['10:49:23', '08:14:25', '14:40:23' ]
device_list = ['Hex 6500', 'Hex 4414', 'CMM 6950']
        
with tb.File('SO_70082470.h5','w') as h5f:
    for i in range(1,4):
        # create dummy data for THIS experiment
        data['Time'] = exp_arr['Time']
        data['Temp'] = exp_arr['Temp'] + i
        data['Pres'] = exp_arr['Pres'] + 2.*i
        # create table and load data
        tbl = h5f.create_table('/', f'Experiment_{i:03}', obj=data)
        # add 3 attributes: Date, Time and Device:
        tbl.attrs['Date'] = date_list[i-1]
        tbl.attrs['Time'] = time_list[i-1]
        tbl.attrs['Device'] = device_list[i-1]

pytables 中父子关系的推荐方式

Recommended way for child-parent relationship in pytables

python

parent-child

pytables