I/O 加载多个大型 H5PY 文件时出现问题 (Pytorch)

Question

我遇到问题了！

最近遇到一个问题I/O。目标和输入数据存储在 h5py 文件中。每个目标文件为 2.6GB，而每个输入文件为 10.2GB。我总共有 5 个输入数据集和 5 个目标数据集。

我为每个 h5py 文件创建了一个自定义数据集函数，然后使用 data.ConcatDataset class 到 link 所有数据集。自定义数据集函数为：

class MydataSet(Dataset):
def __init__(self, indx=1, root_path='./xxx', tar_size=128, data_aug=True, train=True):
    self.train = train
    if self.train:
        self.in_file = pth.join(root_path, 'train', 'train_noisy_%d.h5' % indx)
        self.tar_file = pth.join(root_path, 'train', 'train_clean_%d.h5' % indx)
    else:
        self.in_file = pth.join(root_path, 'test', 'test_noisy.h5')
        self.tar_file = pth.join(root_path, 'test', 'test_clean.h5')
    self.h5f_n = h5py.File(self.in_file, 'r', driver='core')
    self.h5f_c = h5py.File(self.tar_file, 'r')
    self.keys_n = list(self.h5f_n.keys())
    self.keys_c = list(self.h5f_c.keys())
    # h5f_n.close()
    # h5f_c.close()

    self.tar_size = tar_size
    self.data_aug = data_aug

def __len__(self):
    return len(self.keys_n)

def __del__(self):
    self.h5f_n.close()
    self.h5f_c.close()

def __getitem__(self, index):
    keyn = self.keys_n[index]
    keyc = self.keys_c[index]
    datan = np.array(self.h5f_n[keyn])
    datac = np.array(self.h5f_c[keyc])
    datan_tensor = torch.from_numpy(datan).unsqueeze(0)
    datac_tensor = torch.from_numpy(datac)
    if self.data_aug and np.random.randint(2, size=1)[0] == 1: # horizontal flip
        datan_tensor = torch.flip(datan_tensor,dims=[2]) # c h w
        datac_tensor = torch.flip(datac_tensor,dims=[2])

然后我用dataset_train = data.ConcatDataset([MydataSet(indx=index, train=True) for index in range(1, 6)])进行训练。当只使用2-3个h5py文件时，I/O速度正常，一切正常。然而，当使用 5 个文件时，训练速度逐渐降低（5 iterations/s 到 1 iterations/s）。我更改了 num_worker，问题仍然存在。

谁能给我一个解决方案？我应该将几个 h5py 文件合并成一个更大的文件吗？还是其他方法？提前致谢！

Answer 1

提高性能需要计时基准。为此，您需要确定潜在的瓶颈和相关场景。你说“用2-3个文件，I/O速度正常”和“用5个文件，训练速度逐渐下降”。那么，你的性能问题 I/O 是速度，还是训练速度？或者你知道吗？如果您不知道，则需要针对 2 个场景分别分离和比较 I/O 性能和训练性能。
换句话说，要衡量 I/O 性能（仅），您需要运行以下测试：

读取和连接 2-3 个文件的时间，
读取和连接 5 个文件的时间，
将5个文件复制到1个，并从合并后的文件中读取时间，
或者，link 5 个文件到 1 个文件，和时间。

要（仅）测量训练速度，您需要比较以下测试的性能：

合并 2-3 个文件，然后从合并的文件中读取和训练。
合并所有 5 个文件，然后从合并的文件中读取和训练。
或者，link 将 5 个文件合并为 1 个文件，然后从 linked 文件中读取和训练。

如我的评论所述，如果所有数据集都在根级别并且所有数据集名称都是唯一的，则将多个 HDF5 文件合并（或 linking）为一个文件很容易。我添加了外部 link 方法，因为它可能提供相同的性能，而无需复制大型数据文件。

下面是显示这两种方法的代码。在 fnames 列表中替换您的文件名，它应该准备好运行。如果您的数据集名称不是唯一的，您将需要创建唯一的名称，并在 h5fr.copy() 中分配——像这样：h5fr.copy(h5fr[ds],h5fw,'unique_dataset_name')

要合并的代码 - 或 - link 个文件：
（comment/uncomment 行视情况而定）

import h5py
fnames = ['file_1.h5','file_2.h5','file_3.h5']
# consider changing filename to 'linked_' when using links:
with h5py.File(f'merge_{len(fnames)}.h5','w') as h5fw:      
    for fname in fnames:
        with h5py.File(fname,'r') as h5fr:
            for ds in h5fr.keys():
                # To copy datasets into 1 file use:
                h5fr.copy(h5fr[ds],h5fw)
                # to link datasets to 1 file use:
                # h5fw[ds] = h5py.ExternalLink(fname,ds)

I/O 加载多个大型 H5PY 文件时出现问题 (Pytorch)

I/O Issues in Loading Several Large H5PY Files (Pytorch)

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