如何在 MRI 图像上正确使用 from_tensor_slices？

Question

我正在处理 MRI 图像，我想使用 from_tensor_slices 来预处理路径，但我不知道如何正确使用它。下面是我的代码、问题消息和数据集的 link。

首先我重新整理了我的数据。 484 张图片和 484 个标签

image_data_path = './drive/MyDrive/Brain Tumour/Task01_BrainTumour/imagesTr/'
label_data_path = './drive/MyDrive/Brain Tumour/Task01_BrainTumour/labelsTr/'

image_paths = [image_data_path + name 
               for name in os.listdir(image_data_path) 
               if not name.startswith(".")]

label_paths = [label_data_path + name
               for name in os.listdir(label_data_path)
               if not name.startswith(".")]

image_paths = sorted(image_paths)
label_paths = sorted(label_paths)

然后，加载1个例子的函数（我用nibabel加载nii文件）

def load_one_sample(image_path, label_path):

  image = nib.load(image_path).get_fdata()
  image = tf.convert_to_tensor(image, dtype = 'float32')
  label = nib.load(label_path).get_fdata()
  label = tf.convert_to_tensor(label, dtype = 'uint8')

  return image, label

接下来，我尝试使用 from_tensor_slices

image_filenames = tf.constant(image_paths)
label_filenames = tf.constant(label_paths)

dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((image_filenames, label_filenames))

all_data = dataset.map(load_one_sample)

错误来了：TypeError: stat: path should be string, bytes, os.PathLike or integer, not Tensor

可能出了什么问题，我该如何解决？

数据link：https://drive.google.com/drive/folders/1HqEgzS8BV2c7xYNrZdEAnrHk7osJJ--2（任务 1 - 脑肿瘤）

如果您需要更多信息，请告诉我。

Answer 1

nib.load 不是 TensorFlow 函数。
如果你想在 tf.data 管道中使用不是 TensorFlow 函数的任何东西，那么你必须使用 tf.py_function.
包装它 代码：

image_data_path = 'Task01_BrainTumour/imagesTr/'
label_data_path = 'Task01_BrainTumour/labelsTr/'

image_paths = [image_data_path + name 
               for name in os.listdir(image_data_path) 
               if not name.startswith(".")]
label_paths = [label_data_path + name
               for name in os.listdir(label_data_path)
               if not name.startswith(".")]

image_paths = sorted(image_paths)
label_paths = sorted(label_paths)

def load_one_sample(image_path, label_path):
  image = nib.load(image_path.numpy().decode()).get_fdata()
  image = tf.convert_to_tensor(image, dtype = 'float32')
  label = nib.load(label_path.numpy().decode()).get_fdata()
  label = tf.convert_to_tensor(label, dtype = 'uint8')
  return image, label

def wrapper_load(img_path, label_path):
  img, label = tf.py_function(func = load_one_sample, inp = [img_path, label_path], Tout = [tf.float32, tf.uint8])
  return img, label

dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices((image_paths, label_paths)).map(wrapper_load)

错误不是由于 from_tensor_slices 函数引起的，而是由于 nibs.load 需要一个字符串但得到一个张量。

但是，更好的方法是创建 tfrecords 并使用它们来训练模型。

如何在 MRI 图像上正确使用 from_tensor_slices？

How to use from_tensor_slices properly on MRI images?

python

image-segmentation

tensorflow

image-preprocessing