用Python的numpy计算均方根偏差（RMSD）

Question

我把两个原子的坐标转成数组：coord

而且我必须计算这两组坐标之间的均方根偏差 (RMSD)。

为此我有：

def cal_rmsd_numpy(coord_1, coord_2):
    rmsd = np.sqrt(((coord_1 - coord_2) ** 2).mean())    ## this would be the formula
    return rmsd

rmsd = cal_rmsd_numpy(coord_1, coord_2)

print(rmsd)

但是结果没有给我正确的数字。我认为错误在公式中。有人可以帮我纠正我的错误吗？

RMSD 的公式为：

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Answer 1

找到的解决方案：

rmsd = np.sqrt(((((coordenadas_1 - coordenadas_2)** 2))*3).mean())

用Python的numpy计算均方根偏差（RMSD）

Calculate root mean square deviation (RMSD) with numpy of Python

python

numpy

deviation

square-root