使用RDKIT将SMILES转mol时遇到的问题
Problems encountered when using RDKIT to convert SMILES to mol
我想在 python 中使用 rdkit 从 SMILES 中获取分子。我用的SMILES是从drugbank下载的
然而，当我使用函数 Chem.MolFromSmiles 时，有些 SMILES 会报告，有些则不会：
Explicit valence for atom # 0 N, 4, is greater than permitted.
我找到了关于这个问题的一些解释：这是因为 SMILES 生成了一个在现实世界中不存在的无效分子。但我不是学化学的学生....所以有人知道如何解决这个问题吗？
你的 SMILES 字符串中似乎有一个中性的 4 坐标氮原子，它在真实分子中不存在。 4 坐标氮原子带正电荷，例如 SMILES 字符串中的 [N+]。
我想在 python 中使用 rdkit 从 SMILES 中获取分子。我用的SMILES是从drugbank下载的
然而，当我使用函数 Chem.MolFromSmiles 时，有些 SMILES 会报告，有些则不会：
Explicit valence for atom # 0 N, 4, is greater than permitted.
我找到了关于这个问题的一些解释：这是因为 SMILES 生成了一个在现实世界中不存在的无效分子。但我不是学化学的学生....所以有人知道如何解决这个问题吗？
你的 SMILES 字符串中似乎有一个中性的 4 坐标氮原子，它在真实分子中不存在。 4 坐标氮原子带正电荷，例如 SMILES 字符串中的 [N+]。