非数字 DataFrame 的散点图

Question

我有一个只包含非数字数据的 DataFrame。我有两个示例序列：

seq_1 = 'AATGMAM'
seq_2 = 'TATAMTM'

其中一个序列用作列，第二个用作索引。如果字母重叠，则 DataFrame 会填充一个“*”符号。否则，值为 ''.

data = [["*" if p1 == p2 else "" for p2 in seq_2] for p1 in seq_1]
df = pd.DataFrame(data, columns=list(seq_1), index=list(seq_2)

  A A T G M A M
T     *        
A * *       *
T     *
A * *       *
M
T     *
M         *   *

现在我想创建一个散点图来描述这个 DataFrame。 x 轴应该是索引，y 轴应该是列。我该怎么做？

编辑：感谢@Shaido，我能够绘制它。但是我在为每个标签添加单独的颜色时遇到问题。

color_keys = max([np.unique(df.index), np.unique(df.columns)], key=len)
rgb_values = sns.color_palette("Set2", len(color_keys))
colors = dict(zip(color_keys, rgb_values))

for g in np.unique(df.index):
    ix = np.where(df.columns == g)
    plt.scatter(x[ix], y[ix], c = colors[g], label = g, s = 100)

plt.xticks(np.arange(df.shape[0]), df.index)
plt.yticks(np.arange(df.shape[1]), df.columns)
plt.legend()

plt.show()

如何将每个唯一值映射到单独的列？

Answer 1

您可以使用np.where获取散点图的坐标，然后我们调整y值以反转轴，如下所示：

y, x = np.where(df == "*")
y = len(seq_2) - y

现在我们可以绘制它了，而不是 y 刻度也反转了：

fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(x, y)
ax.set_xticklabels(' ' + seq_1)
ax.set_yticklabels(' ' + seq_2[::-1])
plt.show()

结果：

非数字 DataFrame 的散点图

Scatter plot for non-numeric DataFrame

python

pandas

matplotlib

plot

scatter