如何在 y 轴上绘制带有危险无线电、死亡率概率或死亡率的受限三次样条曲线？

Question

1) 如何在以下示例中将 "odds ratio"、"probability of mortality" 和 "mortality rate" 的 y 轴更改为 "fit"？

2) 如何在以下示例中将 "fit2" 的 y 轴更改为 "hazard ratio"？

library(Hmisc)
library(survival)
library(rms)

data(pbc)
d <- pbc
rm(pbc)
d$died <- ifelse(d$status == 2, 1, 0)
d$status <- ifelse(d$status != 0, 1, 0)

ddist <- datadist(d)
options(datadist='ddist')

fit <- lrm(status ~ rcs(age, 4), data=d)
(an <- anova(fit))
plot(Predict(fit), anova=an, pval=TRUE)

fit2 <- cph(Surv(time, status) ~  rcs(age, 4), data=d)
(an2 <- anova(fit2))
plot(Predict(fit2), anova=an, pval=TRUE)

期待您的帮助！

更新 1 根据 BondedDust 的回答，我写了以下内容：

# probability
getProbability <- function(x) {
     exp(x)/(1+exp(x))*100
}

fit <- lrm(status ~ rcs(age, 4), data=d)
(an <- anova(fit))
plot(Predict(fit, fun=getProbability), anova=an, pval=TRUE, ylab="Probability of death [%]")

# overall probability to die
table(d$status)
round(table(d$status)[[2]]/sum(table(d$status))*100, digits=1) # = 44.5%

由于死亡的总体概率是 44.5%，因此预测概率的计算和结果图对我这个非统计学家来说似乎是正确的，不是吗？

Answer 1

如果你想要优势比，那么你需要添加一个fun=-argument来转换为优势比比例：

plot(Predict(fit,fun=exp), anova=an, pval=TRUE, ylab="Odds ratio")

我不确定我是否明白 changing to the "probability of mortality", and "mortality rate" for "fit" 是什么意思。反 logit 函数是 exp(x)/(1+exp(x))，但为了根据系数构建事件或速率的估计值，您需要合并截距项。也许你可以从拟合对象的拟合值组件中提取一些有用的东西来满足你的作业问题的要求。

> names(fit)
 [1] "freq"              "sumwty"            "stats"             "fail"             
 [5] "coefficients"      "var"               "u"                 "deviance"         
 [9] "est"               "non.slopes"        "linear.predictors" "penalty.matrix"   
[13] "info.matrix"       "weights"           "call"              "Design"           
[17] "scale.pred"        "terms"             "assign"            "na.action"        
[21] "fail"              "interceptRef"      "nstrata"          
> str(fit$linear.predictors)
 Named num [1:418] -0.187 -0.235 0.41 -0.24 -0.538 ...
 - attr(*, "names")= chr [1:418] "1" "2" "3" "4" ...

用于将对数优势系数转换为优势比的相同方法适用于将对数风险转换为风险比：

plot(Predict(fit2, fun=exp), anova=an, pval=TRUE, ylab="Hazard ratio")

如何在 y 轴上绘制带有危险无线电、死亡率概率或死亡率的受限三次样条曲线？

How to plot restricted cubic spline with hazard radio, probability of mortality, or mortality rate on y-axis?

plot

r

spline

cox-regression

logistic-regression