图像轮廓强度

Question

为什么我正在处理的图像的强度分布不包括右端？我应该看到 7 个“峰”，但我没有。

下面是我的代码：

from matplotlib import pyplot as plt
from skimage.measure import profile_line
from skimage.io import imread

start = (0, 714) #Start of the profile line
end = (100, 100) #End of the profile line

#image = imread('....tif') #Read the images
profile = profile_line(image, start, end, linewidth=1, mode='constant') #Take the profile line
fig, ax = plt.subplots(2, 1, figsize=(10, 10)) #Create the figures
ax[0].imshow(image) #Show the film at the top
ax[0].plot(start, end, 'r-', lw=2) #Plot a red line across the film
ax[1].plot(profile)
ax[1].grid()

结果图：

我正在处理的片子：

Answer 1

您在这里混淆了一堆不同的概念。一方面，您的可视化是错误的。 skimage.measure.profile_line accepts two points in (row, col) coordinates. matplotlib.pyplot.plot 接受两个数据集，一个 x 和一个 y。通过将 start 绘制为 x 并将 end 绘制为 y，您会迷惑自己并相信您拥有的线是水平的。让我们获取 profile_line 正在切割的 x 坐标（列）并正确绘制它们，y 坐标（行）也是如此：

start = (0, 714) #Start of the profile line
end = (100, 100) #End of the profile line
image = skimage.io.imread(...)

fig, ax = plt.subplots(1, 2)
ax[0].set_title('Wrong')
ax[0].imshow(image)
ax[0].plot(start, end, 'r')
ax[1].set_title('Correct')
ax[1].imshow(image)
ax[1].plot([start[1], end[1]], [start[0], end[0]], 'r')

结果如下：

希望您看到标有“正确”的图像准确显示了您在情节中看到的内容。

您可以轻松更正此问题。首先，让我们用复杂的方式来做：使用 profile_line。您希望开始和结束 y 坐标相同，并且开始和结束 x 坐标跨越图像。请记住，profile_line 包含两端：

image = skimage.io.imread(...)

start = (100, 0) #Start of the profile line row=100, col=0
end = (100, image.shape[1] - 1) #End of the profile line row=100, col=last

profile = skimage.measure.profile_line(image, start, end)

fig, ax = plt.subplots(1, 2)
ax[0].set_title('Image')
ax[0].imshow(image)
ax[0].plot([start[1], end[1]], [start[0], end[0]], 'r')
ax[1].set_title('Profile')
ax[1].plot(profile)

这看起来好多了。对于垂直和水平横截面，您可以使用简单的 indexing. The images loaded by skimage.io.imread are numpy arrays 获得相同的结果，因此您可以这样做：

profile = image[100, :]

对于垂直线，比如在第 202 列，您沿着第二（列）轴索引：

profile = image[:, 202]

图像轮廓强度

Image profile intensity

python

image

line