TypeError: "'numpy.float64' object is not callable" when using scipy.stats.bootstrap

Question

我想应用 scipy.stats.bootstrap 的统计自举方法。

在下面的代码中，我将两个不同的 .txt 文件加载到 Python。每个文件都包含一列数值（浮点数）。我想计算每个文件的变异系数 (CV)，并比较它们在 CV 中的差异是否具有统计显着性。这就是我使用引导程序的原因。

完整代码如下：

import numpy as np
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy as sp
from scipy import stats


# Coefficient of variation
Core_values = np.loadtxt(f"pathtofile/file1.txt", comments=None, delimiter=None, converters=None,
skiprows=0, usecols=0,unpack=False, ndmin=0, encoding=None, max_rows=None, like=None)

Periphery_values = np.loadtxt(f"pathtofile/file2.txt", comments=None, delimiter=None, converters=None,
skiprows=0, usecols=0, unpack=False, ndmin=0, encoding=None, max_rows=None, like=None)

Results = sp.stats.bootstrap((Core_values, Periphery_values), sp.stats.variation((Core_values, Periphery_values), axis=None), vectorized=False, paired=True, confidence_level=0.95, n_resamples=20000)

print(Results)

当我只应用计算两个文件的 CV 的代码如下时：

Results =  sp.stats.variation((Core_values, Periphery_values), axis=None)
print(Results)

Python 给出了正确的结果，即来自两个输入文件的值的一个 CV 值。但是，如完整代码所示，在引导代码中实现 sp.stats.variation((Core_values, Periphery_values), axis=None) 时，我收到以下错误消息：TypeError: 'numpy.float64' object is not callable

因此我认为我的错误是我将两个样本（Core_values 和 Periphery_values）都提供给了

Results = sp.stats.bootstrap((Core_values, Periphery_values), sp.stats.variation...

我无法弄清楚正确的实现会告诉 Python 我想使用这两个样本进行引导以避免出现错误消息。

Answer 1

答案在 scipy.stats.bootstrap、statistic 的第二个参数的文档中：“统计信息必须是一个 callable [强调] 接受len(data) 样本作为单独的参数 [其中 data 是 bootstrap 的第一个参数] 和 returns 结果统计。如果设置 vectorized True , statistic 还必须接受关键字参数 axis 并进行矢量化以计算沿提供的轴的统计信息。"

“可调用”是一个函数或类似函数的东西。您作为 statistic 参数提供的内容，sp.stats.variation((Core_values, Periphery_values), axis=None) 两者都不是。它只是一个数字（特别是浮点值），因此出现错误“TypeError: numpy.float64 object is not callable`.

你可能想要作为statistic参数传递的是可能这样的东西：lambda c,v: sp.stats.variation((c,v), axis=None) . lambda 是可调用的。请注意，根据 statistic 的文档，lambda 中的参数数量与 bootstrap 的第一个参数的长度相同，即元组 (Core_values, Periphery_values)。然而，这个特定的 lambda 可能不会做你真正想要的。（它是否超出了这个特定问题的范围。）

TypeError: "'numpy.float64' object is not callable" when using scipy.stats.bootstrap

TypeError: "'numpy.float64' object is not callable" when using scipy.stats.bootstrap

python

scipy.stats