BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr]
我有以下错误：
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’
我从 blast 数据库下载了“nr”文件，并在目录 [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] 中创建了一个数据库 link。但错误仍然存在。
拜托，谁能帮帮我？
成功了！
问题出在我解压缩 nr 文件的方式上。
以前我使用以下命令：
$ formatdb -i nr.fa -p T
现在我用了：
$ makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot -out nr
问题已解决。
我有以下错误：
Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code 2 from ‘psiblast -out 7NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’NDB_B_WT.out -query 7NDB_B_WT.fasta -db /mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr -evalue 5000 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm 7NDB_B_WT.pssm’, message ‘BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] in search path [/media/leon//Machine_learning_model_binding_free_energy_BFE_change_predictions/TopNetmAb/7NDB/features/7NDB_B_A_344_S::]’
我从 blast 数据库下载了“nr”文件，并在目录 [/mnt/research/common-data/Bio/blastdb/nr] 中创建了一个数据库 link。但错误仍然存在。
拜托，谁能帮帮我？
成功了！ 问题出在我解压缩 nr 文件的方式上。 以前我使用以下命令： $ formatdb -i nr.fa -p T
现在我用了： $ makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot -out nr
问题已解决。