VCF 文件缺少必需的 header 行（“#CHROM...”）
VCF file is missing mandatory header line ("#CHROM...")
我在 docker 图像和 os 中使用 scikit-allel 库读取 VCF 文件时出现错误ubuntu 18.04。表明
引发 RuntimeError('VCF file is missing mandatory header line ("#CHROM...")')
运行时错误：VCF 文件缺少必需的 header 行（“#CHROM...”）
但是在VCF文件中是well-formatted。
这是我的申请代码：
import pandas as pd
import os
import numpy as np
import allel
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import norm
GenomeVariantsInput = allel.read_vcf('quartet_variants_annotated.vcf', samples=['ISDBM322015'],fields=[ 'variants/CHROM', 'variants/ID', 'variants/REF',
'variants/ALT','calldata/GT'])
安装的版本：
Python 3.6.9
麻木 1.19.5
pandas1.1.5
scikit-allel1.3.5
你需要在第一行添加这样一行：
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003
但它不是所有文件的静态文件，您必须像上面那样为您的文件制作一个 Header。 （我建议先尝试这个header，如果有错误再自定义）
我在 docker 图像和 os 中使用 scikit-allel 库读取 VCF 文件时出现错误ubuntu 18.04。表明
引发 RuntimeError('VCF file is missing mandatory header line ("#CHROM...")') 运行时错误：VCF 文件缺少必需的 header 行（“#CHROM...”）
但是在VCF文件中是well-formatted。
这是我的申请代码：
import pandas as pd
import os
import numpy as np
import allel
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import norm
GenomeVariantsInput = allel.read_vcf('quartet_variants_annotated.vcf', samples=['ISDBM322015'],fields=[ 'variants/CHROM', 'variants/ID', 'variants/REF',
'variants/ALT','calldata/GT'])
安装的版本： Python 3.6.9 麻木 1.19.5 pandas1.1.5 scikit-allel1.3.5
你需要在第一行添加这样一行：
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003
但它不是所有文件的静态文件，您必须像上面那样为您的文件制作一个 Header。 （我建议先尝试这个header，如果有错误再自定义）