在 R 函数中使用匿名函数

Question

我这里有一个基因位点列表，其中包含编码为三位数字的等位基因，如 class 字符。我有几行代码来遍历列表并将所有实例转换为核酸碱基字母（即 A、C、G、T）。

my_allele_list = list(loc1 = c("001", "002"),
                  loc2 = c("001", "003"),
                  loc3 = c("004", "001"),
                  loc4 = c("003", "003"),
                  loc5 = c("001", "002"),
                  loc6 = c("002", "004"))

a = c("001", "002", "003", "004")
b = c("A", "C", "G", "T")
for(i in seq_along(a)) my_allele_list <- 
  lapply(my_allele_list, function(x) gsub(a[i], b[i], x))

my_allele_list

到目前为止一切顺利，但为了保持整洁，我想将这些行包装到一个函数中。

convert_alleles <- function(x){
    a = c("001", "002", "003", "004")
    b = c("A", "C", "G", "T")
    for(i in seq_along(a)) x <- 
      lapply(x, function(x) gsub(a[i], b[i], x))
    }

convert_alleles(my_allele_list)

my_allele_list

但是，正如您在第二遍中看到的那样，该函数不起作用 - 没有错误，只是没有对列表对象进行任何更改。我怀疑问题出在与 for 循环中的匿名函数发生冲突。有人可以解释问题所在并提出解决方案吗？

Answer 1

使用矢量化函数可能更容易，因为 str_replace

library(dplyr)
library(purrr)
library(stringr)
map(my_allele_list, ~ str_replace_all(.x, setNames(b, a)))

-输出

$loc1
[1] "A" "C"

$loc2
[1] "A" "G"

$loc3
[1] "T" "A"

$loc4
[1] "G" "G"

$loc5
[1] "A" "C"

$loc6
[1] "C" "T"

此外，如果它是固定匹配而不是示例中的部分匹配，请使用 setNames 创建命名向量并匹配并替换

map(my_allele_list, ~ unname(setNames(b, a)[.x]))
$loc1
[1] "A" "C"

$loc2
[1] "A" "G"

$loc3
[1] "T" "A"

$loc4
[1] "G" "G"

$loc5
[1] "A" "C"

$loc6
[1] "C" "T"

这也可以用 base R -lapply

来完成

lapply(my_allele_list, \(x) unname(setNames(b, a)[x]))
$loc1
[1] "A" "C"

$loc2
[1] "A" "G"

$loc3
[1] "T" "A"

$loc4
[1] "G" "G"

$loc5
[1] "A" "C"

$loc6
[1] "C" "T"

在OP函数中，return值应该是x

convert_alleles <- function(x){
     a = c("001", "002", "003", "004")
     b = c("A", "C", "G", "T")
     for(i in seq_along(a)) x <- 
       lapply(x, function(x) gsub(a[i], b[i], x))
     x
    }
convert_alleles(my_allele_list)
$loc1
[1] "A" "C"

$loc2
[1] "A" "G"

$loc3
[1] "T" "A"

$loc4
[1] "G" "G"

$loc5
[1] "A" "C"

$loc6
[1] "C" "T"

注意：当我们运行函数时，它不会改变对象my_allele_list。为此，我们分配回 (<-)

my_allele_list <- convert_alleles(my_allele_list)

在 R 函数中使用匿名函数

Using an anonymous function within a function in R

r

function

anonymous-function

gsub