如何用很多参数绘制模型glm结果
How to plot model glm result with a lot of parameters
我真的需要帮助。我想为我的 glm quasipoisson 制作一个预测模型。我有一个问题,因为我用我的数据集错误地制作了一个 glm 模型。
我曾经根据我的glm拟泊松为我的所有参数制作一个预测模型,但我最终预测了每个参数,结果与glm拟泊松数据不同。
这是我的数据集。我为我的所有数据集使用一个 csv 文件。不知道如何在 post 中上传此 csv 数据,请原谅我。
Richness = as.matrix(dat1[,14])
Richness
8
3
3
4
3
5
4
3
7
8
Parameter = as.matrix(dat1[,15:22])
Parameter
JE Temp Hmdt Sond HE WE L MH
1 31.3 93 63.3 3.89 4.32 80 7.82
2 26.9 92 63.5 9.48 8.85 60 8.32
1 27.3 93 67.4 1.23 2.37 60 10.10
3 31.6 99 108.0 1.90 3.32 80 4.60
1 29.3 99 86.8 2.42 7.83 460 12.20
2 29.4 85 86.1 4.71 15.04 200 10.10
1 29.4 87 93.5 3.65 14.70 200 12.20
1 29.5 97 87.5 1.42 3.17 80 4.07
1 25.9 95 62.3 5.23 16.89 140 10.03
1 29.5 95 63.5 1.85 6.50 120 6.97
Rich = glm(Richness ~ Parameter, family=quasipoisson, data = dat1)
summary(Rich)
Call:
glm(formula = Richness ~ Parameter, family = quasipoisson, data = dat1)
Deviance Residuals:
1 2 3 4 5
-0.017139 0.016769 -0.008652 0.002194 -0.003153
6 7 8 9 10
-0.016828 0.022914 -0.013823 -0.012597 0.030219
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -7.4197959 0.5061733 -14.659 0.0434 *
ParameterJE 0.1833651 0.0224198 8.179 0.0775 .
ParameterTemp 0.2441301 0.0073380 33.269 0.0191 *
ParameterHmdt 0.0393258 0.0032176 12.222 0.0520 .
ParameterSond -0.0319313 0.0009662 -33.050 0.0193 *
ParameterHE -0.0982213 0.0060587 -16.212 0.0392 *
ParameterWE 0.1001758 0.0027575 36.329 0.0175 *
ParameterL -0.0014170 0.0001554 -9.117 0.0695 .
ParameterMH 0.0137196 0.0073704 1.861 0.3138
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for quasipoisson family taken to be 0.002739787)
Null deviance: 7.8395271 on 9 degrees of freedom
Residual deviance: 0.0027358 on 1 degrees of freedom
AIC: NA
Number of Fisher Scoring iterations: 3
这是我尝试用 ggplot 制作的模型
ggplot(dat1, aes(Temp, Richness))+
geom_point() +
geom_smooth(method = "glm", method.args = list(family = quasipoisson),
fill = "grey", color = "black", linetype = 2)``
这就是结果。
我为每个参数都做了,但我只知道这个结果是错误的,因为它为每个参数使用了一个准泊松数据,我想要的是基于准泊松数据的预测模型,就像上面的总结一样。
我尝试使用 plot the results glm with multiple explanatories with 95% CIs 中的代码,但我真的很困惑如何像那里的示例那样设置我的数据。但是那个例子中的结果几乎就像我想要的那样。
谁能帮我这个?如何使用 ggplot 将所有参数的 glm 预测模型放在一帧中?
希望任何人都可以帮助我解决这个问题。非常感谢!
您是否尝试过 sjplot 包中的 plot_model 函数?
我正在写我的 phone,但代码是这样的。
图书馆(sjPlot)
plot_model(glm_model)
更多信息:
http://www.strengejacke.de/sjPlot/reference/plot_model.html
代码:
data("mtcars")
glm_model<-glm(am~.,data = mtcars)
glm_model
library(sjPlot)
plot_model(glm_model, vline.color = "red")
plot_model(glm_model, show.values = TRUE, value.offset = .3)
我真的需要帮助。我想为我的 glm quasipoisson 制作一个预测模型。我有一个问题,因为我用我的数据集错误地制作了一个 glm 模型。 我曾经根据我的glm拟泊松为我的所有参数制作一个预测模型,但我最终预测了每个参数,结果与glm拟泊松数据不同。
这是我的数据集。我为我的所有数据集使用一个 csv 文件。不知道如何在 post 中上传此 csv 数据,请原谅我。
Richness = as.matrix(dat1[,14])
Richness
8
3
3
4
3
5
4
3
7
8
Parameter = as.matrix(dat1[,15:22])
Parameter
JE Temp Hmdt Sond HE WE L MH
1 31.3 93 63.3 3.89 4.32 80 7.82
2 26.9 92 63.5 9.48 8.85 60 8.32
1 27.3 93 67.4 1.23 2.37 60 10.10
3 31.6 99 108.0 1.90 3.32 80 4.60
1 29.3 99 86.8 2.42 7.83 460 12.20
2 29.4 85 86.1 4.71 15.04 200 10.10
1 29.4 87 93.5 3.65 14.70 200 12.20
1 29.5 97 87.5 1.42 3.17 80 4.07
1 25.9 95 62.3 5.23 16.89 140 10.03
1 29.5 95 63.5 1.85 6.50 120 6.97
Rich = glm(Richness ~ Parameter, family=quasipoisson, data = dat1)
summary(Rich)
Call:
glm(formula = Richness ~ Parameter, family = quasipoisson, data = dat1)
Deviance Residuals:
1 2 3 4 5
-0.017139 0.016769 -0.008652 0.002194 -0.003153
6 7 8 9 10
-0.016828 0.022914 -0.013823 -0.012597 0.030219
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -7.4197959 0.5061733 -14.659 0.0434 *
ParameterJE 0.1833651 0.0224198 8.179 0.0775 .
ParameterTemp 0.2441301 0.0073380 33.269 0.0191 *
ParameterHmdt 0.0393258 0.0032176 12.222 0.0520 .
ParameterSond -0.0319313 0.0009662 -33.050 0.0193 *
ParameterHE -0.0982213 0.0060587 -16.212 0.0392 *
ParameterWE 0.1001758 0.0027575 36.329 0.0175 *
ParameterL -0.0014170 0.0001554 -9.117 0.0695 .
ParameterMH 0.0137196 0.0073704 1.861 0.3138
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
(Dispersion parameter for quasipoisson family taken to be 0.002739787)
Null deviance: 7.8395271 on 9 degrees of freedom
Residual deviance: 0.0027358 on 1 degrees of freedom
AIC: NA
Number of Fisher Scoring iterations: 3
这是我尝试用 ggplot 制作的模型
ggplot(dat1, aes(Temp, Richness))+
geom_point() +
geom_smooth(method = "glm", method.args = list(family = quasipoisson),
fill = "grey", color = "black", linetype = 2)``
这就是结果。
我为每个参数都做了,但我只知道这个结果是错误的,因为它为每个参数使用了一个准泊松数据,我想要的是基于准泊松数据的预测模型,就像上面的总结一样。
我尝试使用 plot the results glm with multiple explanatories with 95% CIs 中的代码,但我真的很困惑如何像那里的示例那样设置我的数据。但是那个例子中的结果几乎就像我想要的那样。 谁能帮我这个?如何使用 ggplot 将所有参数的 glm 预测模型放在一帧中? 希望任何人都可以帮助我解决这个问题。非常感谢!
您是否尝试过 sjplot 包中的 plot_model 函数? 我正在写我的 phone,但代码是这样的。
图书馆(sjPlot)
plot_model(glm_model)
更多信息: http://www.strengejacke.de/sjPlot/reference/plot_model.html
代码:
data("mtcars")
glm_model<-glm(am~.,data = mtcars)
glm_model
library(sjPlot)
plot_model(glm_model, vline.color = "red")
plot_model(glm_model, show.values = TRUE, value.offset = .3)