如何在 add_glance_table {gtsummary} 产生的 p 值上添加重要性星

Question

使用 {gtsummary} 进行回归 table 时，可以通过 add_glance_table(p.value):

添加 p 值

  library(gtsumary)
  trial %>%
  na.exclude() %>%
  lm(ttdeath ~ age + marker + response,.) %>%
  tbl_regression() %>%
  add_glance_table(p.value)

我想在一目了然的 p 值中添加显着性星 table。我试过 add_significance_stars()，但它只是将 tbl_regression() 创建的原始 p 值替换为星星。

有什么方法可以让我一目了然地在 p 值上加上重要的星号 table？

编辑：对于我最初提出的缺乏信息和清晰度的问题，我深表歉意。编辑以获取更多信息。

Answer 1

add_significance_stars() 函数可以为模型协变量 p 值添加星标。我们也可以添加一个函数来格式化模型的 p 值和显着性星。下面的例子

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.5.0'

# write a function to round p-values and add stars
style_pvalue_stars <- function(x) {
  dplyr::case_when(
    x < 0.001 ~ paste0(style_pvalue(x), "***"),
    x < 0.01 ~ paste0(style_pvalue(x), "**"),
    x < 0.05 ~ paste0(style_pvalue(x), "*"),
    TRUE ~ style_pvalue(x)
  )
}

style_pvalue_stars(c(0.0001, 0.04, 0.50))
#> [1] "<0.001***" "0.040*"    "0.5"

tbl <-
  lm(ttdeath ~ age + marker + response, trial) %>%
  tbl_regression() %>%
  # add significance stars to the covariate p-values
  add_significance_stars(pattern = "{p.value}{stars}", 
                         hide_ci = FALSE, hide_p = FALSE) %>%
  add_glance_table(p.value) %>%
  # add stars to the model p-value
  modify_fmt_fun(
    update = estimate ~ style_pvalue_stars,
    rows = row_type == "glance_statistic" & label == "p-value"
  )

^{由 reprex package (v2.0.1)}

创建于 2022-01-01

编程愉快！

如何在 add_glance_table {gtsummary} 产生的 p 值上添加重要性星

How to add significance stars on p-value produced by add_glance_table {gtsummary}

r

gtsummary