bash: cat + grep 生成合并两个文件的多个副本
bash: cat + grep to produce several replicas merging two filles
使用Linux bash命令行，我需要在文件2的指定部分合并两个filles，将文件1的多个副本集成在一起。文件1如下所示：
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
文件 2 是一个多块文件，其中单独的部分由模型 1、模型 2、模型 N 定义并由 ENDMDL 分隔：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
我需要将文件 1 的所有内容多次复制到文件 2 中，就在分隔符 ENDMDL 之前（在第二个文件中），从而将文件 1 的多个副本整合到文件 2 中. 这是预期输出的示例：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
我曾尝试使用 cat，但它只是将两个文件融合在一起，而无需复制第一个文件：
cat file1.pdb file2.pdb > together.pdb
我需要将其通过管道传递给 grep 的某些表达式，以便将文件 1 复制到文件 2 的 ENDMDL 之前的位置吗？
使用awk.
awk '/^ENDMDL$/ {system("cat file1.pdb");}; {print}' file2.pdb
file2 中的每一行都写入标准输出，但是当该行匹配 ENDMDL 时，file1 的全部内容首先输出。
一些备选方案：
- 将
/^ENDMDL$/替换为[=16=] == "ENDMDL"
- 将
{print} 替换为 1。 （没有显式模式，执行操作。没有显式操作，打印当前行。）
这是一个直接的 awk 解决方案：
awk '
BEGIN {
FS = RS = "\a"
getline contents < ARGV[2]
close(ARGV[2])
ARGV[2] = ""
RS = "\n"
}
/^ENDMDL$/ { printf "%s", contents }
{ print }
' file1 file2
该脚本将文件内容（要插入的内容）放入一个变量中，然后在每次 ENDMDL 出现时打印出来。我将 BELL 字符用作 FS 和 RS，因为您不会在 PDB 文件中遇到它。
这是一个不会调用不安全 system 或 getline 的 awk 解决方案：
awk 'NR==FNR {s = s [=10=] ORS; next} [=10=] == "ENDMDL" {[=10=] = s [=10=]} 1' file1 file2
如果你想传递 shell 变量名然后使用：
awk 'NR==FNR {s = s [=11=] ORS; next}
[=11=] == "ENDMDL" {[=11=] = s [=11=]} 1' "$file1" "$file2"
使用Linux bash命令行，我需要在文件2的指定部分合并两个filles，将文件1的多个副本集成在一起。文件1如下所示：
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
文件 2 是一个多块文件，其中单独的部分由模型 1、模型 2、模型 N 定义并由 ENDMDL 分隔：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
我需要将文件 1 的所有内容多次复制到文件 2 中，就在分隔符 ENDMDL 之前（在第二个文件中），从而将文件 1 的多个副本整合到文件 2 中. 这是预期输出的示例：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER + INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
我曾尝试使用 cat，但它只是将两个文件融合在一起，而无需复制第一个文件：
cat file1.pdb file2.pdb > together.pdb
我需要将其通过管道传递给 grep 的某些表达式，以便将文件 1 复制到文件 2 的 ENDMDL 之前的位置吗？
使用awk.
awk '/^ENDMDL$/ {system("cat file1.pdb");}; {print}' file2.pdb
file2 中的每一行都写入标准输出，但是当该行匹配 ENDMDL 时，file1 的全部内容首先输出。
一些备选方案：
- 将
/^ENDMDL$/替换为[=16=] == "ENDMDL" - 将
{print}替换为1。 （没有显式模式，执行操作。没有显式操作，打印当前行。）
这是一个直接的 awk 解决方案：
awk '
BEGIN {
FS = RS = "\a"
getline contents < ARGV[2]
close(ARGV[2])
ARGV[2] = ""
RS = "\n"
}
/^ENDMDL$/ { printf "%s", contents }
{ print }
' file1 file2
该脚本将文件内容（要插入的内容）放入一个变量中，然后在每次 ENDMDL 出现时打印出来。我将 BELL 字符用作 FS 和 RS，因为您不会在 PDB 文件中遇到它。
这是一个不会调用不安全 system 或 getline 的 awk 解决方案：
awk 'NR==FNR {s = s [=10=] ORS; next} [=10=] == "ENDMDL" {[=10=] = s [=10=]} 1' file1 file2
如果你想传递 shell 变量名然后使用：
awk 'NR==FNR {s = s [=11=] ORS; next}
[=11=] == "ENDMDL" {[=11=] = s [=11=]} 1' "$file1" "$file2"