ETE2 - 一个子节点有多个父节点？

Question

我正在尝试使用 Python 中的 ETE2 模块创建一棵树。我想将 1 个子节点添加到 2 个父节点，以便在显示树时它们都连接到子节点。我是 ETE 的新手，所以如果这是一个简单的问题，请原谅我。代码：

from ete2 import Tree, TreeNode, TextFace


classes = Tree()

#adding 1
course1 = TreeNode(name="Course 1")
face1 = TextFace(text="Course 1")
course1.add_face(face1, column=1)
classes.add_child(child=course1)

#adding 2
course2 = TreeNode(name="Course 2")
face2 = TextFace(text="Course 2")
course2.add_face(face2, column=1)
course1.add_child(child=course2)

#adding 3
course3 = TreeNode(name="Course 3")
face3 = TextFace(text="Course 3")
course3.add_face(face3, column=1)
#adding course3 to 2 parents
course1.add_child(child=course3)
course2.add_child(child=course3)

classes.show()

输出为

我是否从根本上反对这里的树的想法？ ETE 是否有一种简单的方法来执行我的建议？

如果您需要更多信息来提供帮助，请告诉我。

Answer 1

我基本上找到了我自己问题的答案：我应该使用的数据结构不是树。 @boardrider 指出，一棵树本质上是一个 "one to many" 结构，将一个父节点映射到一个或多个子节点。

解决方案是有向无环图。这是图形数据结构的变体，它映射 "many to many" 以继续上面的措辞。

资源：

Graph data structure basics

Python specific graph structures

我会随着进度进行编辑。

ETE2 - 一个子节点有多个父节点？

ETE2 - One Child Node with Multiple Parents?

python

tree

phylogeny

etetoolkit