R 引导错误中的 Phylo 相关图？

Question

我正在尝试使用 phylosignal 包中的 phyloCorrelogram 根据我的数据创建系统发育相关图，以测试系统发育信号的存在。我的数据是所谓的 phylo4d 格式，称为 tree.

现在，当我运行 phyloCorrelogram(tree) 时，我返回以下错误：

library("phylobase")
library("ape")
library("phylosignal") # contains phyloCorrelogram()

> phyloCorrelogram(tree, ci.bs = 10, n.points = 10)
Error in boot::boot(X, function(x, z) moranTest(xr = x[z], Wr = prop.table(Wi[z,  : 
  no data in call to 'boot'

我已经在互联网上进行了详细的搜索以寻找解决此问题的方法，但没有成功。

由于我使用的数据维度太大，post 无法在此处使用，因此我在 dropbox 上 post 以 .rda 格式编辑了我的数据.

有人知道这个漏洞吗？

Answer 1

您没有与您的树关联的数据。您的树是一个 phylo4d 对象，它具有“树”信息但没有附加数据。你需要这样的东西

library(phylobase)
g1 <- as(geospiza_raw$tree, "phylo4")
geodata <- geospiza_raw$data
g2 <- phylo4d(g1, geodata)
pc <- phyloCorrelogram(g2)

R 引导错误中的 Phylo 相关图？

Phylo correlogram in R bootstrapping error?

r

phylogeny

ape-phylo