tbl_summary() 可以保留空值而不是 NA/缺失值吗？

Question

我正在使用 tbl_summary() 来总结患者队列的临床特征。

我有一个患者组和一个对照组。我的问题是我有更多的变量用于患者组（血细胞计数等），而这些变量不适用于对照组。

示例数据：

library(gtsummary)

group <- rep(c("Kontrol","Patient"),times=c(5,10))
age <- floor(runif(15, min=20, max=101))
sex <- rep(c("male","female","male","female"), times=c(3,2,7,3))
Hemoglobin <-  as.numeric(c(rep("",times=5),7.21,7.52,10.41,10.03,8.95,6.24,8.54,14.22,8.76,7.57))

df <- data.frame(group,age,sex,Hemoglobin)

df %>% tbl_summary(by=group)

enter image description here

所以我的问题是我可以创建一个 table，其中这些变量在控制列中的值为空吗？就像是： enter image description here

感谢您的帮助！

Answer 1

似乎仅使用函数提供的参数（例如missing和missing_text参数）无法达到预期的效果。您必须在本地修改列表对象。

library(gtsummary)

group <- rep(c("Kontrol","Patient"),times=c(5,10))
age <- floor(runif(15, min=20, max=101))
sex <- rep(c("male","female","male","female"), times=c(3,2,7,3))
Hemoglobin <-  as.numeric(c(rep("",times=5),7.21,7.52,10.41,10.03,8.95,6.24,8.54,14.22,8.76,7.57))

df <- data.frame(group,age,sex,Hemoglobin)

table <- 
  df %>% 
  tbl_summary(by=group, missing="no")  

table$table_body$stat_1[table$table_body$stat_1 == "NA (NA, NA)"] <- NA

table

^{由 reprex package (v2.0.1)}

创建于 2022-01-14

Answer 2

只需使用 modify_table_body() 添加另一个解决方案。此函数允许对 gtsummary 表进行一些更高级的自定义。

library(gtsummary)

group <- rep(c("Kontrol","Patient"),times=c(5,10))
age <- floor(runif(15, min=20, max=101))
sex <- rep(c("male","female","male","female"), times=c(3,2,7,3))
Hemoglobin <-  as.numeric(c(rep("",times=5),7.21,7.52,10.41,10.03,8.95,6.24,8.54,14.22,8.76,7.57))

df <- data.frame(group,age,sex,Hemoglobin)

df %>% 
tbl_summary(by=group, missing="no") %>% 
 modify_table_body(~.x %>% 
                     dplyr::mutate(stat_1 = ifelse(stat_1 == "NA (NA, NA)",NA,stat_1)))

tbl_summary() 可以保留空值而不是 NA/缺失值吗？

can tbl_summary() leave empty value instead of NA/ missing values?

r

gtsummary