你应该在哪里使用 conda 为 ensembl-vep 缓存

Question

我已经在 conda 中安装了 vep，如下所示：

conda install ensembl-vep=105.0-0

然后我像这样安装了人工缓存：

vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep --CONVERT

但是当我尝试运行 vep 时出现错误：

vep --dir_cache /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep \
   -i /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf \
   -o /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated_vep.vcf

我是不是做错了什么？？

Answer 1

我已经开始工作了。缓存像这样进入兽医主目录：

vep_install -a cf -s homo_sapiens -y GRCh38 -c /mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/refs/vep —CONVERT

我是这样工作的：

vep --cache --dir_cache "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/conda/envs/bioinfo/share/ensembl-vep-105.0-0" \
   -i "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/cohort.norm_recalibrated.vcf" \
   -o "/mnt/gpfs/live/rd01__/ritd-ag-project-rd018o-mdflo13/data/test/manual/results/variants/vep_output.txt"

你应该在哪里使用 conda 为 ensembl-vep 缓存

Where should you put you cache for ensembl-vep using conda

variant

ensemble-learning

vcf-variant-call-format

vcftools