为不在 CRAN 上的 R 包设置 conda 环境，安装到错误的位置

Question

我的目标是使用这个包 (https://github.com/tiagodc/TreeLS) but it was deprecated from CRAN (https://cran.r-project.org/web/packages/TreeLS/index.html)。它需要旧版本的 R，但它的依赖项（例如 raster 包）需要 R 3.5 或更高版本。我考虑了两种方法。

使用 R studio 并将全局选项更改为较旧版本的 R，但我经常使用许多地理空间包，并且由于此包具有较旧的依赖项，所以我不想安装我一直使用的较旧版本的包.
在 Mini Conda 3 中创建一个专用于此包的虚拟环境。我选择这个选项是因为它是独立的。

这是目前的工作流程。

conda search -c r r
conda create -n newR351 -c conda-forge r-base=3.5.1 -y
conda install -c r rtools -y

成功创建一个名为 newR351 的 conda 环境，并将 r 工具安装到 mini conda 3 中的该环境文件夹中。

安装 R 3.5.1 的 conda 环境的位置

C:\Users\me\Miniconda3\envs\newR351

当我尝试安装 devtools 以便我可以从 github 远程安装 TreeLS 时，我收到一条退出状态为零的警告。 devtools 包安装，但它安装到我的 appdata 文件夹而不是我的迷你 conda 环境。

conda install -c r devtools -y

The downloaded source packages are in
    'C:\Users\me\AppData\Local\Temp\RtmpYByvp8\downloaded_packages'

如何在我的 conda 环境 newR351 上访问开发工具？我需要建造一个颅骨骨架吗？当我在此环境中激活 R 并尝试加载 devtools 库时，我得到了这个。

(newR351) C:\Users\me>R
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

...

>library(devtools)
Error in library(devtools) : there is no package called 'devtools'

创建特定于旧版 R 包的环境的最佳做法是什么？还有其他人使用 TreeLS 吗？

Answer 1

首先，devtools 没有出现，因为 Conda 存储库中的 R 包通常以“r-”为前缀，因此安装 conda install r-devtools 应该可以解决问题。但是，我认为 Conda 不是这里最好的策略。

在 R 版本 3.6 以下，R 包的 Conda 包覆盖率相当低。此外，根据我的经验，将需要编译的 non-Conda 包安装到 Conda R 环境中是一件痛苦的事情，而且通常不起作用 out-of-the-box。另外，不仅 TreeLS 需要编译，而且它具有不是需要编译的 Conda 包的依赖项。我会避免这种情况。

方案一可行。 R 允许多个安装，并且可以通过操作环境变量（我认为 RSTUDIO_WHICH_R、R_LIBS 是相关的）可以在它们之间切换。

但是，如果这是我的情况，我会启动一个 docker 容器，可能 rocker/rstudio:3.5 并将其用于该项目。由于底层图像是 Linux，编译需要一段时间，但您可以在那个时候对其进行版本控制，然后始终可以启动它。这避免了必须处理任何系统设置，并且应该主要是 straight-forward 安装。

为不在 CRAN 上的 R 包设置 conda 环境，安装到错误的位置

Set up conda environment for R package not on CRAN, installs to wrong location

r

conda

devtools

lidar