NAMESPACE 中缺少 import(Rcpp) 导致在 R CMD 检查测试期间出现 C++ 库错误

Question

总结

我正在开发一个使用 Rcpp 的 R 包。我接手了这个有很多问题的项目，我正在努力解决它们。这个问题是我不知道如何在这种情况下创建一个最小的复制示例，因为包很大而且我没有参与早期设置。我将不胜感激关于如何去做的建议，我是在 R/Rcpp.

中编写包的新手

我让它在 Github 操作中通过了 macOS 和 Linux 上的自动 R CMD 检查。

有一个名为“R/simulate.R”的弃用文件，其中包含一个不再使用的函数。我正在尝试删除此文件。

相关行是：

...
#' @useDynLib myPackage
#' @export
#' @import CompQuadForm
#' @import doParallel
#' @import Rcpp
#' @import RcppArmadillo
#' @import Matrix
#' @import mvtnorm
#' @import PHENIX
simulate <- function(...) {...}

我使用 devtools::document() 更新了包中自动生成的文件。

有了这个，行

import(Matrix)
import(PHENIX)
import(Rcpp)
import(RcppArmadillo)
import(doParallel)
import(mvtnorm)

已从文件中删除 NAMESPACE。

删除后，当我在 macOS-latest 上运行 R CMD check . 时，出现以下错误：

 * checking tests ... ERROR
  Running ‘testthat.R’
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
  > library(testthat)
  > library(myPackage)
  >
  > test_check("myPackage")
  libc++abi: __cxa_guard_acquire detected recursive initialization

运行 R CMD check . on ubuntu-20.4 检查测试时出现以下错误：

Error: <rlib_error_2_0 in process_get_error_connection(self, private):
 stderr is not a pipe.>

删除步骤

git rm R/simulate.R

in R devtools::document() 导致以下变化：

 modified:   NAMESPACE
 deleted:    R/simulate.R
 deleted:    man/simulate.Rd

R CMD check . 产生上述错误。

我试过的

我发现 this issue 有类似的问题，因此尝试使用 install.packages(c('Rcpp', 'RcppArmadillo', 'httpuv'))

重新安装软件包

问题仍然存在。

我尝试 git grep -nrw "simulate" 搜索文件中定义的函数以查找被遗忘的文件用法，但没有显示任何内容。

进度更新

而不是运行ning devtools::document()，我只从文件 NAMESPACE 中手动删除了行 export(simulate)。有了这个，行

import(Matrix)
import(PHENIX)
import(Rcpp)
import(RcppArmadillo)
import(doParallel)
import(mvtnorm)

保留在文件 NAMESPACE.

中

这些行是根据我通过删除 R/simulate.R:

删除的函数的注释自动生成的

...
#' @useDynLib myPackage
#' @export
#' @import CompQuadForm
#' @import doParallel
#' @import Rcpp
#' @import RcppArmadillo
#' @import Matrix
#' @import mvtnorm
#' @import PHENIX
simulate <- function(...) {...}

现在，R CMD check . 运行正确了。

我想这意味着我还不理解注释和 NAMESPACE 并且在 NAMESPACE.

中还有另一个依赖项需要这些导入

如果我提出问题的方式有问题，我也很乐意得到反馈。我也是新手发帖提问

谢谢！

Answer 1

已弃用的文件是唯一具有注释 #' @import Rcpp 的文件，该注释确保 devtools::document() 会在 NAMESPACE 文件中包含 import(Rcpp)。

我通过注释使用 Rcpp 函数的包的主要 R 函数解决了这个问题 #' @import Rcpp。

之后，devtools::document() 清理了自动生成的文件并保持包完好无损。

如果有人更了解 R 包开发，我将不胜感激，可以解释哪里出了问题，也许 link 解释注释和 NAMESPACE 文件的最佳资源！谢谢

NAMESPACE 中缺少 import(Rcpp) 导致在 R CMD 检查测试期间出现 C++ 库错误

Missing import(Rcpp) in NAMESPACE leads to C++ library error during R CMD check of tests

r

rcpp

libc++

testthat

总结

删除步骤

我试过的

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