错误不会消失，即使 deleting/commenting 故障线

Question

我正在 Windows 10 上的虚拟机上使用 Linux Ubuntu。

下载了一个 IPython 笔记本

现在，当我尝试运行代码的某些部分时，出现以下错误：

/usr/lib/python3.8/distutils/version.py in _cmp(self, other)
    335         if self.version == other.version:
    336             return 0
--> 337         if self.version < other.version:
    338             return -1
    339         if self.version > other.version:

TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'

因为我不知道，很想解决这个问题，所以我决定编辑这个 version.py 文件（也许不是那么聪明，但我不知道还能做什么...）

我只是决定每次评论错误的行和 return 0。

奇怪的是，我仍然在评论中得到相同的错误提示：

 /usr/lib/python3.8/distutils/version.py in _cmp(self, other)
        335         # if self.version == other.version:
        336         #     return 0
    --> 337         # if self.version < other.version:
        338         #     return -1
        339         # if self.version > other.version:

TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'

现在我测试了如果我只添加一些空的新行会发生什么，错误看起来像这样（指向同一条线，那里什么都没有）：

  /usr/lib/python3.8/distutils/version.py in _cmp(self, other)
        335         
        336           
    --> 337         
        338             
        339         

    TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'

我无法解释这里发生的事情，我希望有人知道。

完整的回溯是：

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
/tmp/ipykernel_2888/2193680867.py in <module>
      1 fastqdir = os.path.join(resultsdir, './FASTQ_files/')
      2 print("Downloading FASTQ files from the SRA...")
----> 3 dms_tools2.sra.fastqFromSRA(
      4         samples=samples,
      5         fastq_dump='/home/andreas/sratoolkit.2.11.0-ubuntu64/bin/fastq-dump',

~/.local/lib/python3.8/site-packages/dms_tools2/sra.py in fastqFromSRA(samples, fastq_dump, fastqdir, aspera, overwrite, passonly, no_downloads, ncpus)
     91                               .decode('utf-8').split(':')[-1].strip())
     92     fastq_dump_minversion = '2.8'
---> 93     if not (distutils.version.LooseVersion(fastq_dump_version) >=
     94             distutils.version.LooseVersion(fastq_dump_minversion)):
     95         raise RuntimeError("fastq-dump version {0} is installed. You need "

/usr/lib/python3.8/distutils/version.py in __ge__(self, other)
     68 
     69     def __ge__(self, other):
---> 70         c = self._cmp(other)
     71         if c is NotImplemented:
     72             return c

/usr/lib/python3.8/distutils/version.py in _cmp(self, other)
    335         if self.version == other.version:
    336             return 0
--> 337         if self.version < other.version:
    338             return -1
    339         if self.version > other.version:

TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'

Answer 1

首先，错误TypeError: '<' not supported between instances of 'str' and 'int'意味着您在条件检查中使用的操作数之一是字符串数据类型，另一个是整数数据类型。

您可以使用 type() 函数检查什么是什么。

接下来您可以使用 mv 命令重命名文件，然后运行再次使用：

python <filename.py>

Answer 2

简而言之：您正在尝试比较两种不同的数据类型。如果您确定两个值都是数字，则可以在比较之前转换该值：

if int(self.version) < int(other.version):

Answer 3

问题出在您的 fastq-dump 版本上。查看从 sra.py:

生成错误的源代码

fastq_dump_version = (subprocess.check_output([fastq_dump, '--version'])
                          .decode('utf-8')
                          .replace('"fastq-dump" version', '').split(':'))
    if len(fastq_dump_version) == 1:
        fastq_dump_version = fastq_dump_version[0].strip()
    elif len(fastq_dump_version) == 2:
        fastq_dump_version = fastq_dump_version[1].strip()
    else:
        fastq_dump_version = (subprocess.check_output([fastq_dump, '--help'])
                              .decode('utf-8').split(':')[-1].strip())
    fastq_dump_minversion = '2.8'
    if not (distutils.version.LooseVersion(fastq_dump_version) >=
            distutils.version.LooseVersion(fastq_dump_minversion)):
        raise RuntimeError("fastq-dump version {0} is installed. You need "
            "at least version {1}".format(fastq_dump_version, 
            fastq_dump_minversion))

关于fastq-dump --version的输出有一个假设，即在输出版本之前有一个:。 2.11 的情况并非如此，子进程调用的结果是：

>>> (subprocess.check_output(['sratoolkit.2.11.0-ubuntu64/bin/fastq-dump', '--version']).decode('utf-8').replace('"fastq-dump" version', '').split(':'))
['\n"sratoolkit.2.11.0-ubuntu64/bin/fastq-dump" version 2.11.0\n\n']

此字符串随后用于进一步的版本比较，distutils 抱怨无法将其与 fastq_dump_minversion 中保存的版本 2.8 进行比较。

解决这个问题的最简单方法是使用另一个版本的 sra 工具包。版本 2.9 应该可以工作，因为版本输出似乎符合预期：

>>> (subprocess.check_output(['sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump', '--version']).decode('utf-8').replace('"fastq-dump" version', '').split(':'))
['\nsratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump ', ' 2.9.0\n\n']

附加信息

为什么更改 lib/python3.7/distutils/version.py 不起作用？ lib/python3.7/distutils/__pycache__ 中有一个预编译文件正在被读取，或者是实际的 lib/python3.7/distutils/version.py。如果你编辑 version.py，你应该删除 __pycache__ 目录中的相应文件。不过请注意，我强烈建议不要弄乱这些文件，因为如果您不知道自己在做什么，很容易破坏您的python。

P.S.

这应该在 dms_tools 版本 2.6.11

中得到修复

错误不会消失，即使 deleting/commenting 故障线

Error wont dissapear, even when deleting/commenting the faulty lines

python

jupyter-notebook

typeerror