如何解决简单命令的致命错误：library() 之后的递归 gc 调用错误

Question

我在加载一些包时遇到“递归 gc 调用”错误。如果我进一步将我的代码设置为运行，此错误将继续弹出，并且 R studio 会遇到致命错误并中止。我不知道如何解决这个问题。

我已经尝试重启程序，但在同一个地方出现了同样的错误。即使我重新启动程序、关闭项目并在新的/空白脚本中重试，也会发生这种情况。错误如下所示。

目前适当的步骤是什么？我应该卸载/重新安装 R 吗？有没有更好的方法来尝试查明问题所在？

这是我在加载这两个库时在控制台中得到的：

> library(descr)
> library(data.table)
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
data.table 1.14.2 using 4 threads (see ?getDTthreads).  Latest news: r-datatable.com

如果有帮助，我提供了会话信息，但老实说，我不确定从哪里开始解决这个问题。

> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] beepr_1.3         nngeo_0.4.4       stringr_1.4.0     bit64_4.0.5       bit_4.0.4         sf_1.0-5          data.table_1.14.2 descr_1.1.5      

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.7         magrittr_2.0.1     units_0.7-2        xtable_1.8-4       R6_2.5.1           rlang_0.4.12       tools_4.1.2        grid_4.1.2        
 [9] audio_0.1-10       KernSmooth_2.23-20 e1071_1.7-9        DBI_1.1.2          ellipsis_0.3.2     class_7.3-19       lifecycle_1.0.1    vctrs_0.3.8       
[17] glue_1.6.0         stringi_1.7.6      proxy_0.4-26       compiler_4.1.2     generics_0.1.1     classInt_0.4-3

Answer 1

对于可能发现此问题的其他人，这就是我所做的。我不知道它是如何修复的，但它正在工作；

我运行遇到问题，重新启动 R 并重试：同样的问题
我打开一个新项目/空白脚本，复制代码并再次尝试代码：同样的问题
我用稍微不同的代码试了一下：同样的问题
我重新启动了计算机并再次尝试了步骤 1:3：同样的问题
我卸载并重新安装了R：解决了。

这是解决这个问题的好方法吗？没有线索。这对每个人都有效吗？也不知道。但它在我的情况下修复了它。 ¯_(ツ)/¯ ¯_(ツ)/¯

Answer 2

我遇到了同样的问题。加载 data.table 然后进行那些递归 gc 调用。我发现它在本质上与这个问题非常接近： https://github.com/rstudio/rstudio/issues/10565

尚未修复，但似乎是 Rstudio Ghost Orchid 问题

Answer 3

同样的问题。下面是我的解决方案。

我运行进入这个之后

我的电脑（MacBook Pro 2017 运行 on OSX Big Sur 11.2.1）崩溃了（我不知道原因）
当我 re-opened 一个将“大数据”加载到环境中的 R 项目时，它冻结了（我假设它很难找到/加载数据）并且无论如何我尝试了（重启 R、清除工作区等），但没有任何帮助。
我只能在删除（隐藏）项目文件后才能再次打开项目。我还删除了 .RProj.user（可能只删除 .Rhistory 就够了吗？）
RStudio 再次工作，但是当我运行在具有 300k 行的数据帧上使用长管道时，发生错误 *** recursive gc invocation。

然后我尝试先调用 gc() as suggested elsewhere，然后

Error in loadedNamespaces() : bad hash table contents

或

gc Error: Invalid mset

我的解决方案

我不需要 re-install R，但幸运的是没有双重删除我的 .RProj.user 文件夹并将其放回原来的位置 - 这似乎解决了问题暂时.

如何解决简单命令的致命错误：library() 之后的递归 gc 调用错误

how do I troubleshoot fatal errors for simple commands: recursive gc invocation error after library()

r

rstudio