在 tbl_regression 中重命名一个因素的水平

Question

我想在 tbl_regression 内重命名一个因子的级别而不更改我的数据框。我了解如何使用 label 在 tbl_regression 中重命名变量名称，但是是否可以使用 label 来编辑因子水平？

library(tidyverse)
library(gtsummary)
glm(response ~ trt + factor(death), data = trial) %>%
  tbl_regression(
    label = list(
      trt ~ "Drug B vs A",
      `factor(death)` ~ "Death" ) <- # how to change 0/1 to alive/dead?
    )

结果：

         Characteristic     Beta       95% CI      p-value  
         ─────────────────────────────────────────────────────
           Drug B vs A                                                                                     
             Drug A               —          —                  
             Drug B             0.06    -0.07, 0.19      0.4    
           Death                                              
             0                    —          —                  
             1                  -0.21   -0.34, -0.08    0.002   
         ─────────────────────────────────────────────────────
           CI = Confidence Interval

期望的结果：

         Characteristic     Beta       95% CI      p-value  
         ─────────────────────────────────────────────────────
           Drug B vs A                                                                                     
             Drug A               —          —                  
             Drug B             0.06    -0.07, 0.19      0.4    
           Death                                              
             Alive                —          —                  
             Dead              -0.21   -0.34, -0.08    0.002   
         ─────────────────────────────────────────────────────
           CI = Confidence Interval

Answer 1

您可以使用modify_table_body()更改关卡的标签

 glm(response ~ trt + factor(death), data = trial) %>%
  tbl_regression(
    label = list(
      trt ~ "Drug B vs A",
      `factor(death)` ~ "Death" ) 
  ) %>% 
  modify_table_body(
    ~.x %>% 
      mutate(label  = ifelse(label == "0", "Alive",
                             ifelse(label =="1", "Dead",label)))
  )

如果您想对更改的标签更加谨慎，可以在 ifelse() 语句中添加另一个条件：

glm(response ~ trt + factor(death), data = trial) %>%
  tbl_regression(
    label = list(
      trt ~ "Drug B vs A",
      `factor(death)` ~ "Death" ) 
  ) %>% 
  modify_table_body(
    ~.x %>% 
      mutate(label  = ifelse(label == "0" & variable == "factor(death)", "Alive",
                             ifelse(label =="1" & variable == "factor(death)", "Dead",label)))
  )

在 tbl_regression 中重命名一个因素的水平

Rename levels of a factor in tbl_regression

r

gtsummary