pandas DataFrame 边列表到 networkX 图对象

Question

我正在尝试从 DataFrame 创建一个无向图 formatted_unique_edges - 'weight' 列将纯粹用于使用 plotly:[=29= 的下游可视化中的边缘着色]

    source      target      weight
0   protein_2   protein_3   3
1   protein_2   protein_6   2
2   protein_3   protein_6   2
3   protein_2   protein_4   2
4   protein_2   protein_5   2
5   protein_3   protein_4   2
6   protein_3   protein_5   2
7   protein_4   protein_5   2
8   protein_4   protein_6   1
9   protein_5   protein_6   1

我试图模拟的链接绘图示例中的第一行是：

G = nx.random_geometric_graph(200, 0.125)
edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

我首先将 formatted_unique_edges 转换为图形，然后尝试使用一些诊断打印语句来模拟上面的代码：

G = nx.from_pandas_edgelist(formatted_unique_edges, 
                            edge_attr=True) 
#also tried G = nx.random_geometric_graph(200, 0.125) as per plotly example

edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    print(edge) #('proteinN', 'proteinM')
    print(G.nodes[edge[0]]) #{}
    print(G.nodes[edge[1]]) #{}
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    #####
    #THROWS KeyError: 'pos' if G is from formatted_unique_edges
    #####
    #prints {'pos': [float, float]} if G is from nx.random_geometric_graph
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

如评论中所述，我从 G.nodes[edge[0]]['pos'] 得到 KeyError。我查看了 spyder 变量资源管理器，nx.random_geometric_graph 中的 G.nodes._nodes 格式为：

{0   : {'pos' : [pos_float, pos_float]}, 
 1   : {'pos' : [pos_float, pos_float]},
 ...
 199 : {'pos' : [pos_float, pos_float]}
}

而 formatted_unique_edges 中的 G.nodes._nodes 的格式为：

{'protein_2' : {},
 'protein_3' : {},
 'protein_4' : {},
 'protein_5' : {},
 'protein_6' : {}}

这一切都表明我使用 nx.from_pandas_edgelist 错误地从 formatted_unique_edges 制作了我的 Graph 对象 - 有人可以建议我应该怎么做吗？

谢谢！蒂姆

Answer 1

您未能为图表生成 layout。 random_geometric_graph 生成图表但不仅如此。它还调用布局来生成坐标 (pos)。

# Convert your dataframe to graph
G = nx.from_pandas_edgelist(formatted_unique_edges, edge_attr=True)

# Generate the layout and set the 'pos' attribute
pos = nx.drawing.layout.spring_layout(G)
nx.set_node_attributes(G, pos, 'pos')

edge_x = []
edge_y = []
for edge in G.edges():
    x0, y0 = G.nodes[edge[0]]['pos']
    x1, y1 = G.nodes[edge[1]]['pos']
    edge_x.append(x0)
    edge_x.append(x1)
    edge_x.append(None)
    edge_y.append(y0)
    edge_y.append(y1)
    edge_y.append(None)

输出：

>>> G.nodes._nodes
{'protein_2': {'pos': array([0.5830424, 0.0301945])},
 'protein_3': {'pos': array([-0.42158911,  0.33654032])},
 'protein_6': {'pos': array([0.30069049, 1.        ])},
 'protein_4': {'pos': array([-0.71990583, -0.51877307])},
 'protein_5': {'pos': array([ 0.25776204, -0.84796174])}}

pandas DataFrame 边列表到 networkX 图对象

pandas DataFrame edge list to networkX graph object

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