在 for 循环中使用 ggplot() 绘制和保存多个栅格

Question

我正在尝试打开、绘制多个光栅并将其保存到图像文件中。为此，我写了这个脚本：

library(raster)
library(rgdal)
library(ggplot2)
library(dplyr)

species <- read.csv(file = 'C:/species.csv', sep=";")

for (sp.n in colnames(species)) {

    rsts <- raster(paste('C:/rasters/', sp.n, '.grd', sep=''))
       
    rsts_df <- as.data.frame(rsts, xy = TRUE)

    names(rsts_df)[3] <- sp.n

    ggplot() +
    geom_raster(data = rsts_df, aes(x = x, y = y, fill = sp.n), na.rm = TRUE) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "violetred4") +
    coord_quickmap()

    ggsave(paste('C:/imgs/', sp.n, '.png', sep=''))
}

但是，我收到这条消息：

Error: Discrete value supplied to continuous scale

问题是，如果我在循环外为每个栅格单独绘制绘图，它就可以工作。我相信这与 'fill = sp.n' 有关。你知道我做错了什么吗？

Answer 1

虽然运行循环中的代码，您的 "sp.n" 是一个字符，而 ggplot2 则采用未加引号的裸名称 sp.n。例如，如果您运行代码：

library(ggplot2)
ggplot() +
geom_raster(data = rsts_df, aes(x = x, y = y, fill = "col.name"), na.rm = TRUE)

你可能会遇到同样的错误。相反，您应该使用 fill = .data[[sp.col]]

ggplot() +
geom_raster(data = rsts_df, 
            aes(x = x, y = y, fill = .data[[sp.n]]), 
            na.rm = TRUE)

这一切都是基于整洁评估的概念。您可以在“Programming with dplyr”

上阅读更多相关信息

在 for 循环中使用 ggplot() 绘制和保存多个栅格

Plot and save of multiple rasters using ggplot() in a for loop

for-loop

r

raster

ggplot2