用另一个字符替换第 2 次和第 3 次出现的字符，对于每一行，Bash

Question

我正在尝试重新格式化参考图例文件以使其与 bcftools 兼容。

基本上，我需要从这里开始：

id position a0 a1 TYPE AFR AMR EAS EUR SAS ALL
1:123:A:T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01
1:679:A:T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01

对此：

id position a0 a1 TYPE AFR AMR EAS EUR SAS ALL
1:123_A_T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01
1:679_A_T 123 A T SNP 0.01 0.01 0 0 0 0.01

最好使用 bash。

Answer 1

如果 sed 是一个选项：

sed 's/:/_/2; s/:/_/2' file > reformatted_file

(此命令 s/:/_/2 将第二个“:”替换为下划线，然后将第三个“:”替换为下划线，尽管从技术上讲它现在是第二个“:” (s/:/_/2 ), 因为第一个已经改过了。这样有意义吗？)

或只有 bash:

while read -r line
do
    tmp="${line//:/_}"
    echo "${tmp/_/:}"
done < file > reformatted_file

(*这适用于您的示例，但是用下划线替换每个“:”，然后将第一个改回“:”可能会对您的文件产生意想不到的影响，例如，它可能会弄乱您的 header)

Replace 2nd and 3rd occurrence of a character with another character, for each line, Bash