Bash for 循环包含 python 脚本

Question

新来的！

我正在尝试在 bash 中循环一个 python 脚本，该脚本从 fastq 文件中获取统计信息。我希望它遍历目录中的所有 fastq 文件并将输出保存在文本文件中。理想情况下不想编辑 python 脚本

这是在我不循环时运行的脚本：

python pythonscript.py -i fastqfile1.fq -q > stats1.txt

这个循环对我不起作用：

for f in *.fq; do python pythonscript.py -i "$f" -q;
do echo "${f%.*}" > "stats${f%.fq}.txt" done

谢谢

编辑我已将循环放入 bash .sh 脚本中。我收到的错误消息是“looping_script.sh：第 5 行：意外标记 do' looping_script.sh: line 5: do' 附近的语法错误”

Answer 1

如果您希望所有结果都在一个文件中，请像这样：

for f in *.fq; do 
   python pythonscript.py -i "$f" -q
done > results.txt

Bash for loop containing python script