如何使用 ggplot2 将 y 轴重新居中于 0.01

Question

我正在尝试制作一个分组条形图，比较来自 2 个不同位置站点比较图的污染物浓度（在 ug/g 中），y 轴为对数刻度。我有一些小于一但大于零的值。 y 轴将我的条形居中于 y=1，使一些条形看起来是负的。是否可以让我的条从 0.01 而不是 1 开始？

我试过 coord_cartesian( ylim=c(0.01,100), expand = FALSE ) 但没有成功。我还尝试使用 coor_trans(y='log10') 而不是 scale_y_continuous(trans='log10') 来记录变换 y 轴，但收到错误消息“变换在 y 轴中引入了无限值”，即使我没有零值。

如有任何帮助，我们将不胜感激，谢谢。

我的代码如下：

malcomp2 %>% 
  ggplot(aes(x= contam, y= ug_values, fill= Location))+
  geom_col(data= malcomp2,
           mapping = aes(x= contam, y= ug_values, fill = Location),
           position = position_dodge(.9), #makes the bars grouped
           stat_identity(),
           colour = "black", #adds black lines around bars
           width = 0.8,
           size = 0.3)+
  ylab(expression(Concentration~(mu*g/g)))+ #adds mu character to y axis
  coord_cartesian( ylim=c(0.01,100), expand = FALSE ) +  #force bars to start at 0
  theme_classic()+ #get rid of grey grid
  scale_y_continuous(trans='log10',   #change to log scale
                     labels = c(0.01,0.1,1,10,100))+ #change axis to not sci notation
  annotation_logticks(sides = 'l')+    #add log ticks to y axis only
  scale_x_discrete(name = NULL, #no x axis label
                   limits = c('Dieldrin','Mirex','PBDEs','CHLDs','DDTs','PCBtri','PCBquad',
                            'PCBhept'),   #changes order of x axis
                   labels = c('Dieldrin','Mirex','PBDEs','CHLDs','DDTs','PCB 3','PCB 4-6','PCB7+'))+   
  scale_fill_manual("Location",      #rename legend
                    values = c('turquoise2','gold'),  #change colors
                    labels = c( 'St.Andrew Bay', 'Sapelo'))+  #change names on legend
  theme(legend.title = NULL,
        legend.key.size = unit(15, "pt"),
        legend.position =   c(0.10,0.95))   #places legend in upper left corner

Answer 1

一种技巧是只缩放数据，使基线为 1。人们之前在 SO 上问过这个问题，似乎更令人满意的方法可能是使用 geom_rect 代替，就像这里:

Setting where y-axis bisects when using log scale in ggplot2 geom_bar

ggplot(data.frame(contam = 1:5, ug_values = 10^(-2:2)*100),
       aes(contam, ug_values)) +
  geom_col() +
  scale_y_continuous(trans = 'log10', limits = c(1,10000),
                     breaks = c(1,10,100,1000,10000),
                     labels = c(0.01,0.1,1,10,100))

如何使用 ggplot2 将 y 轴重新居中于 0.01

How do you recenter y-axis at 0.01 using ggplot2

r

ggplot2

yaxis

geom-col