计算改变 R 中大图中的密度

Question

我正在与 R 中的一个大型社交网络合作（560120 个关系）。我想计算节点的局部密度，以及它们的分身密度。

我使用包 igraph.

通过以下代码片段实现了前者

 g <- graph_from_data_frame(edgelist, directed = FALSE)
 egonet_list <- make_ego_graph(g)

 dat <- data.frame(
    id = names(V(g),
    egonet_density = lapply(egonet_list, graph.density) %>% unlist()
  )

然而，当我尝试计算自我改变的网络时，我运行遇到了记忆问题。我尝试运行以下内容：

alter_list <- make_ego_graph(g, order = 2, mindist = 1)

它确实适用于较小的图形，但在我的网络设置中，它会耗尽我所有的 RAM (>110GB) 并崩溃。

有没有人建议如何以内存友好的方式解决这个问题？

Answer 1

您可以一次计算一个节点的局部密度，而无需保存更改图。

library(igraph)
library(purrr)
make_ego_graph(g, order = 2, nodes = 1, mindist = 1)


V(g) %>%
map_dbl(~ make_ego_graph(g, order = 2, nodes = .x, mindist = 1)[[1]] %>% 
          graph.density())

您可以使用 map 中的代码并编写一个名为 get_alter_density() 的函数，如果您愿意，可以使用 lapply。

计算改变 R 中大图中的密度

Calculate alters density in a large graph in R

memory

r

igraph