使用 apply 从 R 中数据框的每一行创建一个数组？

Question

我想在 R 中运行 mantelhaen.test，这需要 3D 数组形式的 2x2 偶然事件 tables。这些 tables 可以通过遍历数据帧的每一行来构造，但我试图弄清楚是否有矢量化的方法来做到这一点 - 即使用 apply(df[c("col1"," col2",etc), margin=1, array(x, c(2,2,11))) 为 table 的每一行制作一个 3D 数组（然后将其包裹在 mantelhaen.test).

我之前已经使用 matrix() 在 R 和 Pandas 中使用 matrix() 来解决这个问题，但在这种情况下，我运行遇到了一个问题，其中 array()似乎对数据没有任何影响。这是一个可重现的例子：

df = data.frame(group1_variant_cases = c(2,1,3,0,0,2), group1_nonvariant_cases = c(100,92,33,40,21,87), 
                group1_variant_controls = c(1,2,1,0,2,1), group1_nonvariant_controls = c(45,61,70,71,31,55), 
                group2_variant_cases = c(0,2,1,0,1,0), group2_nonvariant_cases = c(201,99,213,52,178,98),
                group2_variant_controls = c(1,0,0,0,1,2), group2_nonvariant_controls = c(67,43,12,88,91,73)) 

apply(head(df,1), 1, function(x) array(x, c(2,2,2)))

输出：

      1
[1,]   2
[2,] 100
[3,]   1
[4,]  45
[5,]   0
[6,] 201
[7,]   1
[8,]  67

感谢任何帮助！

Answer 1

对于 apply，有 simplify 个参数，默认为 TRUE。将其更改为 FALSE 并且它有效，即根据 ?apply

If each call to FUN returns a vector of length n, and simplify is TRUE, then apply returns an array of dimension c(n, dim(X)[MARGIN]) if n > 1. If n equals 1, apply returns a vector if MARGIN has length 1 and an array of dimension dim(X)[MARGIN] otherwise.

apply(head(df,3), 1, function(x) array(x, c(2,2,2)), simplify = FALSE)

-输出

$`1`
, , 1

     [,1] [,2]
[1,]    2    1
[2,]  100   45

, , 2

     [,1] [,2]
[1,]    0    1
[2,]  201   67


$`2`
, , 1

     [,1] [,2]
[1,]    1    2
[2,]   92   61

, , 2

     [,1] [,2]
[1,]    2    0
[2,]   99   43


$`3`
, , 1

     [,1] [,2]
[1,]    3    1
[2,]   33   70

, , 2

     [,1] [,2]
[1,]    1    0
[2,]  213   12

使用 apply 从 R 中数据框的每一行创建一个数组？

Using apply to make an array out of each row of a dataframe in R?

arrays

3d

r

apply