根据个体稀疏我的物种数据

Question

我是 R 的新手，所以我提前道歉。我在总共 8 个不同的地点沿着海拔梯度对飞蛾进行了采样。每个海拔高度的采样夜数不均。由于我的采样夜数不均，我想通过根据我得到的个体稀疏我的物种来标准化我的物种。我对如何稀疏我的物种数据感到困惑。从 rarefy 包 (rarefy(x, sample, se = FALSE, MARGIN = 1)，我不明白如何指定我的 sample/subsample 号码。它会是我从一个网站？非常感谢

Answer 1

是的，为了解决采样不均匀的问题，您通常会稀疏到从站点获得的最小人数。下面是一个例子：

library(vegan)
data(BCI)
# Your data should be organised like the BCI data - species in columns, sites in rows.

# Use rowSums to find the minimum number found at a site:
raremax <- min(rowSums(BCI))

# Rarefy to that number
rarefied_data <- rrarefy(BCI, raremax)

这会为您提供相同格式（物种 x 站点）的 table，其中所有行的总和为相同的数字。

请注意，还有其他方法可以处理不均匀采样，有些人认为稀疏化会不必要地丢弃数据。以下论文正在讨论微生物群落，但论点仍然与飞蛾相关：

https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003531 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.09.09.290049v1.full

根据个体稀疏我的物种数据

Rarefy my species data based on individuals

r

vegan

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