在 R 中从数据框中读取数据时如何执行 Wilcox 测试函数？

Question

我正在尝试使此功能正常工作，但失败了。我需要的是一个从数据框列中读取名称并使用它们对每个列执行 Wilcoxon 测试的函数。 “结果”将是主要的最终产品，一个 table 每行都有属名和它们的 p 值。我还添加了一个绘图功能，用于可视化每列组之间的值，我会在相应的属之后保存它们的命名。

library("dplyr")
library("ggpubr")
library(PairedData)
library(tidyr)
         
    process <- function(data, genus){
          group_by(data,group) %>%summarise(
              count = n(),
              median = median(genus, na.rm = TRUE),
              IQR = IQR(genus, na.rm = TRUE)
            )
          # Subset data before and after treatment
          T0 <- subset(data,  group == "T0", genus,drop = TRUE)
          T2 <- subset(data,  group == "T2", genus,drop = TRUE)
          #Wilcoxon test for paired data, I want a table of names and corresponding p-values
          res <- wilcox.test(T0, T2, paired = TRUE)
          res$p.value
          result <- spread(genus,res$p.value)
          # Plot paired data, with title depending on the data and its p-value (this last one could be optional)
          pd <- paired(T0, T2)
          tiff(genus".tiff", width = 600, height = 400)
           plot(pd, type = "profile") + labs(title=print(data[,genus]", paired p-value="res[,p.value]) +theme_bw()
          dev.off()
      }
        
        l <- length(my_data)
        glist <- list(colnames(my_data[3:l])) #bacteria start at col 3
        wilcoxon <- process(data = my_data, genus = glist)

可重现的数据集可以是

my_data    
    Patient group   Subdoligranulum Agathobacter
    pt_10T0 T0  0.02    0.00 
    pt_10T2 T2  10.71   19.89 
    pt_15T0 T0  29.97   0.28 
    pt_15T2 T2  16.10   7.70 
    pt_20T0 T0  2.39    0.44 
    pt_20T2 T2  20.48   3.35 
    pt_32T0 T0  12.23   0.17 
    pt_32T2 T2  37.11   1.87 
    pt_36T0 T0  0.64    0.03 
    pt_36T2 T2  0.02    0.08 
    pt_39T0 T0  0.04    0.01 
    pt_39T2 T2  0.36    0.05 
    pt_3t0  T0  13.23   1.34 
    pt_3T2  T2  19.22   1.51 
    pt_9T0  T0  11.69   0.57 
    pt_9T2  T2  34.56   3.52

我对函数不是很熟悉，还没有找到关于如何从数据框制作它们的好教程...所以这是我最好的尝试，我希望你们中的一些人能成功. 感谢您的帮助！

Answer 1

简单地说，return 处理结束时所需的值。下面没有测试绘图步骤（使用未知包），但针对正确的 R 语法进行了调整：

proc_wilcox <- function(data, genus){
    # Subset data before and after treatment
    T0 <- data[[genus]][data$group == "T0"]
    T2 <- data[[genus]][data$group == "T2"]

    # Wilcoxon test for paired data
    res <- wilcox.test(T0, T2, paired = TRUE)

    # Plot paired data, with title depending on the data and its p-value
    # pd <- paired(T0, T2)
    # tiff(paste0(genus, ".tiff"), width = 600, height = 400)
    # plot(pd, type = "profile") + 
    #   labs(title=paste0(genus, " paired p-value= ", res$p.value)) + 
    #   theme_bw()
    # dev.off()

    return(res$p.value)
}

然后，使用应用函数调用方法，例如 sapply 或稍快的 vapply 设计用于跨迭代处理和 return 相同长度。

# VECTOR OF RESULTS (USING sapply)
wilcoxon_results <- sapply(
  names(my_data)[3:ncol(my_data)], 
  function(col) proc_wilcox(my_data, col)
)

# VECTOR OF RESULTS (USING vapply)
wilcoxon_results <- vapply(
  names(my_data)[3:ncol(my_data)], 
  function(col) proc_wilcox(my_data, col),
  numeric(1)
)

wilcoxon_results
# Subdoligranulum    Agathobacter 
#       0.1484375       0.0078125 

wilcoxon_df <- data.frame(wilcoxon_results)
wilcoxon_df
#                 wilcoxon_results
# Subdoligranulum        0.1484375
# Agathobacter           0.0078125

在 R 中从数据框中读取数据时如何执行 Wilcox 测试函数？

How to do Wilcox test function when reading data from dataframe, in R?

for-loop

r

function

pairwise.wilcox.test