从其他 df 向热图添加更多数据

Question

我需要你的帮助！我正在绘制热图，我没有任何错误，但我不知道如何解决它，因为我没有看到任何类似的 post。我有 2 个数据框：

DF1:

Basal   HER2    LumA    LumB
GATA3   -0.198  0.001   0.497   0.138
IL2RA   -0.186  0.081   0.157   0.267
PRKCQ   -0.235  -0.002  0.157   0.267
WNK1    -0.829  NA  0.110   0.158
NOTCH2  -0.895  -0.237  -0.036  0.423
SEC22B  -0.848  -0.077  -0.032  0.484
APCS    -0.757  -0.184  0.031   0.877
CD160   -0.848  -0.077  -0.032  0.484
CRP -0.757  -0.184  0.030   0.901
PGLYRP3 -0.509  -0.391  0.043   0.402
PGLYRP4 -0.509  0.391   0.060   0.402
RORC    -0.567  -0.338  0.085   0.371
S100A12 -0.509  -0.391  0.060   0.402
S100A7  -0.522  -0.419  0.060   0.400
S100A8  -0.509  -0.391  0.060   0.402
S100A9  -0.509  -0.391  0.060   0.402
SLAMF6  -0.7    -0.246  0.038   0.771
ANKRD20A12P -0.848  -0.077  -0.032  0.484
AGPAT6  -0.570  0.521   -0.457  -0.476
IKBKB   -0.646  0.521   -0.392  -0.551
FADD    -0.099  -0.244  -0.229  0.212
GSTP1   -2.130  0.056   -0.654  -0.352
BAI1    0.331   0.285   -0.354  -0.264
ACE -0.610  -0.229  0.142   0.322
ICAM2   -0.771  -0.107  0.166   0.411
MILR1   -0.890  -0.213  0.177   0.321
PHB NA  -0.630  0.347   0.007
PSMC5   -0.963  -0.045  0.170   0.408
PSMD3   -0.911  -0.527  0.300   0.449
SFRP1   -0.275  0.676   0.398   -0.275

DF2（p 值）：

    Basal   HER2    LumA    LumB
GATA3   0.544   0.974   0.514   0.629
IL2RA   0.640   0.758   0.985   0.521
PRKCQ   0.473   0.975   0.985   0.521
WNK1    0.055   NA  0.687   0.315
NOTCH2  0.023   0.584   0.707   0.927
SEC22B  0.031   0.948   0.703   0.851
APCS    0.127   0.900   0.369   0.201
CD160   0.031   0.948   0.703   0.851
CRP 0.127   0.900   0.385   0.126
PGLYRP3 0.245   0.379   0.350   0.206
PGLYRP4 0.245   0.379   0.281   0.206
RORC    0.166   0.502   0.203   0.431
S100A12 0.245   0.379   0.281   0.206
S100A7  0.225   0.379   0.281   0.262
S100A8  0.245   0.379   0.281   0.206
S100A9  0.245   0.379   0.281   0.206
SLAMF6  0.150   0.753   0.366   0.177
ANKRD20A12P 0.031   0.948   0.703   0.851
AGPAT6  0.233   0.060   0.006   0.050
IKBKB   0.156   0.060   0.024   0.018
FADD    0.448   0.393   0.037   0.489
GSTP1   0.200   1.000   0.002   0.438
BAI1    0.821   0.442   0.033   0.213
ACE 0.985   0.243   0.303   0.502
ICAM2   0.667   0.587   0.213   0.231
MILR1   0.503   0.330   0.276   0.492
PHB NA  0.025   0.053   0.847
PSMC5   0.424   0.776   0.212   0.278
PSMD3   0.436   0.035   0.215   0.131
SFRP1   0.510   0.013   0.021   0.510

并且我使用以下代码绘制了其中一个的热图：

require(reshape)
library(ggplot2)

CD8.m = melt(CD8)
colnames(CD8.m) <- c('Genes','CD8', 'rho')

ggplot(data = data.frame(CD8.m), aes(x = Genes, y = CD8, fill = rho)) + 
  geom_tile() + scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red") + 
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  theme(axis.text.x = element_text(vjust=0.6, angle=45)) +  
   geom_text(aes(label = rho), color = "black", size = 1)

热图如下所示：

但是现在我想在geom_text的标签下面加上括号中的p值，如果p值<0.05，应该是粗体. 任何帮助都不仅仅是惠康！谢谢！！

Answer 1

您也需要将 DF2 转换为长格式。然后，您可以通过将 DF2 作为参数传递给另一个 geom_text 调用，将 p 值用作标签。您还可以将 fontface 美学映射到 p 值以获得“显着*”p 值的粗体。最后，您需要将 p 值标签下调一点。

DF2.m <- melt(DF2)
colnames(DF2.m) <- c('Genes','CD8', 'pval')

ggplot(data = data.frame(CD8.m), aes(x = Genes, y = CD8)) + 
  geom_tile(aes(fill = rho)) + 
  scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red") + 
  scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + 
  theme(axis.text.x = element_text(vjust = 0.6, angle = 45)) +  
  geom_text(aes(label = rho), color = "black", size = 3) +
  geom_text(data = DF2.m, aes(label = pval, 
                              fontface = as.numeric(pval < 0.05) + 1), 
            nudge_y = -0.1, size = 3)

这里需要注意的几点是，首先这个图很难辨认，最好找到另一种方式来呈现数据。其次，您正在查看 120 个不同的 p 值，因此我们预计这些 p 值中约有 6 个纯属偶然小于 0.05。您可能需要考虑使用 Bonferroni 校正或类似方法向下修改您的 p 值。

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r

heatmap

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