基于比率的 SimpleITK 阈值
SimpleITK thresholding based on ratio
我正在尝试对大脑图像进行一些基本的阈值处理。我试图找到肿瘤与大脑的比例,然后根据以下比例进行一些基本过滤:
每个pixel/contralateral脑组织的强度
有没有办法手动获取这个背景大脑像素的强度,然后计算每个像素的比率,然后能够看到哪些像素“在”和“在”这个阈值之外?
提前致谢
当您说手动时,您只是要为背景强度编入一个数字吗?
如果是这样,剩下的可能是这样的:
import SimpleITK as sitk
# reading input as float so we can do floating point math
input_image = sitk.ReadImage("your_file_here.nii", sitk.sitkFloat32)
background_intensity = 42.0 # whatever value you've selected
ratio_image = input_image / background_intensity
# make a binary threshold image for ratios greater than 2.0, or whatever ratio you select
thresholded_binary_image = ratio_image > 2.0
如您所见,使用 SimpleITK,您可以在图像和常数之间进行数学和二进制运算。
如果您想尝试自动确定背景值,您可以检查图像的直方图。
我正在尝试对大脑图像进行一些基本的阈值处理。我试图找到肿瘤与大脑的比例,然后根据以下比例进行一些基本过滤:
每个pixel/contralateral脑组织的强度
有没有办法手动获取这个背景大脑像素的强度,然后计算每个像素的比率,然后能够看到哪些像素“在”和“在”这个阈值之外?
提前致谢
当您说手动时,您只是要为背景强度编入一个数字吗?
如果是这样,剩下的可能是这样的:
import SimpleITK as sitk
# reading input as float so we can do floating point math
input_image = sitk.ReadImage("your_file_here.nii", sitk.sitkFloat32)
background_intensity = 42.0 # whatever value you've selected
ratio_image = input_image / background_intensity
# make a binary threshold image for ratios greater than 2.0, or whatever ratio you select
thresholded_binary_image = ratio_image > 2.0
如您所见,使用 SimpleITK,您可以在图像和常数之间进行数学和二进制运算。
如果您想尝试自动确定背景值,您可以检查图像的直方图。