如何设置排序数据进行绘图？

Question

我正在尝试创建两个数据的散点图，但我不知道如何将我的排序结果指定给散点图。

程序是这样的：

阅读“data_to_be_chosen.csv”
阅读“data_to_be_plotted.csv”
对“data_to_be_chosen.csv”进行排序以找到两个最上面的值（及其名称）
在“data_to_be_plotted.csv”
显示两者的散点图

我在第 5 步遇到问题。
假设 Column C 和 Column A 具有两个最高值。如果我手动将数据设置到绘图中，它将是：

plot(plotted$C, plotted$A)

但是，我希望它根据排序顺序自动完成。
我认为以下代码可以工作：

plot(plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1])], 
     plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2])])

但是，这给了我一个错误：

Error in stripchart.default(x1, ...) : invalid plotting method

我也试过这些，但它们也不起作用：

plot(names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1]),
     names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2]))
plot(colnames(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1]), 
     colnames(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2]))

有什么方法可以将排序后的结果设置为这个图吗？
我没有更多的想法。

我的R版本是4.1.2（最新版）。

这是我的数据：

data_to_be_chosen.csv

A,B,C
2.044281,0.757232,2.188617

data_to_be_plotted.csv

A,B,C
0.34503,-0.38781,-0.3506
0.351566,-0.3901,-0.35244
0.351817,-0.39144,-0.35435
0.351222,-0.39138,-0.35394
0.351222,-0.39113,-0.35366
0.350753,-0.39088,-0.35291
0.350628,-0.39041,-0.3531
0.349127,-0.3881,-0.3511
0.346125,-0.38675,-0.34969
0.346594,-0.38719,-0.34963

这是我的代码：

plotted <- read.csv("data_to_be_plotted.csv")
chosen <- read.csv("data_to_be_chosen.csv")
chosen_list <- list(chosen=chosen)

sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1:2]
names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1:2])
plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1:2])]

# Correlation can be calculated with the above data frame
cor(plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1])], 
    plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2])])

# What I want is this plot ... except manually specifying C or A
plot(plotted$C, plotted$A)

# The above data frame can NOT be used to plot / Issues "invalid plotting method"
plot(plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1])], 
     plotted[names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2])])

# I also tried, but no luck:
plot(names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1]),
     names(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2]))
plot(colnames(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[1]), 
     colnames(sort(chosen_list$chosen[1,], decreasing=TRUE)[2]))

Answer 1

您可以使用 unlist 将 single-row “data_to_be_chosen” df 强制转换为命名向量；然后排序，得到前两个名字，并用它们索引到“data_to_be_plotted”：

chosen_vec <- unlist(chosen)

plot(plotted[names(sort(chosen_vec, decreasing = TRUE)[1:2])])

Answer 2

问题只是对一行进行子集化会得到一个 "data.frame" 对象而不是一个 "numeric" 向量，这可能是您所期望的。您可以使用 class().

检查

class(chosen_list$chosen[1,])
# [1] "data.frame"

解决办法就是unlist了。

class(unlist(chosen_list$chosen[1,]))
# [1] "numeric"

下面使用创建对象而不是重复代码。

(x <- sort(unlist(chosen_list$chosen[1,]), decreasing=TRUE)[1:2])
#        C        A 
# 2.188617 2.044281 

(nx <- names(x))
# [1] "C" "A"

(p_df <- plotted[nx])
#           C        A
# 1  -0.35060 0.345030
# 2  -0.35244 0.351566
# 3  -0.35435 0.351817
# 4  -0.35394 0.351222
# 5  -0.35366 0.351222
# 6  -0.35291 0.350753
# 7  -0.35310 0.350628
# 8  -0.35110 0.349127
# 9  -0.34969 0.346125
# 10 -0.34963 0.346594

要将数据框的两个向量的cor关系作为单个值，我们可能需要[, j]，因为数据框有两个维度。

cor(p_df[, 1], p_df[, 2])
# [1] -0.9029339

检查（同上）：

class(cor(p_df[1], p_df[2]))
# [1] "matrix" "array" 

class(cor(p_df[, 1], p_df[, 2]))
# [1] "numeric"

我建议您更新有关 indexing using brackets 的知识。

或者只获取相关矩阵

cor(p_df)
#            C          A
# C  1.0000000 -0.9029339
# A -0.9029339  1.0000000

最后使用其中之一：

plot(plotted[, nx[1]], plotted[, nx[2]])
plot(p_df[1:2])
plot(p_df)  ## works in this special case, because we only have two columns

数据：

plotted <- structure(list(A = c(0.34503, 0.351566, 0.351817, 0.351222, 0.351222, 
0.350753, 0.350628, 0.349127, 0.346125, 0.346594), B = c(-0.38781, 
-0.3901, -0.39144, -0.39138, -0.39113, -0.39088, -0.39041, -0.3881, 
-0.38675, -0.38719), C = c(-0.3506, -0.35244, -0.35435, -0.35394, 
-0.35366, -0.35291, -0.3531, -0.3511, -0.34969, -0.34963)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-10L))

chosen <- structure(list(A = 2.044281, B = 0.757232, C = 2.188617), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-1L))

chosen_list <- list(chosen=chosen)

如何设置排序数据进行绘图？

How to set a sorted data to plot?

sorting

plot

r

dataframe