lmer 对象的预测函数出错

Question

我正在尝试使用 lmer 而不是 nlme 模型重现 Roland's code 的情节，但我在 predict 函数中遇到错误：

library(nlme)
library(lme4)
library(ggplot2)

fm2 <- lmer(distance ~ age + Sex + (1|Subject), data = Orthodont)

newdat <- expand.grid(Sex=unique(Orthodont$Sex),
                  age=c(min(Orthodont$age),
                            max(Orthodont$age)))

p <- ggplot(Orthodont, aes(x=age, y=distance, colour=Sex)) +
  geom_point(size=3) +
  geom_line(aes(y=predict(fm2), group=Subject, size="Subjects")) +
  geom_line(data=newdat, aes(y=predict(fm2, level=0, newdata=newdat), size="Population")) +
  scale_size_manual(name="Predictions", values=c("Subjects"=0.5, "Population"=3)) +
  theme_bw(base_size=22)

这是我得到的错误：

Error in eval(predvars, data, env) : object 'Subject' not found
In addition: Warning message:
In predict.merMod(fm2, level = 0, newdata = newdat) :
  unused arguments ignored

Answer 1

如果你想绘制 subject-level 个预测，你需要在你的预测框架中包含 Subject：

pframe <- with(Orthodont,
  expand.grid(Sex=unique($Sex),
              age=range(age),
              Subject=unique(Subject))
)

或者您可以在 predict 调用中包含 re.form = ~0：这等同于（忽略！）您当前代码中的 level=0 规范，它仅适用于 lme ...

lmer 对象的预测函数出错

error with predict function with lmer object

r

lme4